El modelo pedagógico de la FCECEP busca formar sujetos autónomos, líderes y promotores de cambio positivo. Se basa en principios como la educabilidad de todos, el aprendizaje significativo, el desarrollo próximo y el andamiaje. Los docentes facilitan experiencias que ayudan a los estudiantes a pensar críticamente y resolver problemas mediante hipótesis. La evaluación es cualitativa y multidimensional para estimular el aprendizaje con sentido.