El método indagatorio se compone de 3 etapas: 1) Inicio, donde se presenta la pregunta de investigación, 2) Desarrollo, donde los estudiantes experimentan y discuten para responder la pregunta, y 3) Cierre, donde evalúan lo que sabían, aprendieron y generan nuevas preguntas. El método fomenta el pensamiento crítico, la resolución de problemas y considera a la comunidad como campo de investigación a través de visitas de campo.