Los mecanismos bioquímicos son responsables de la capacidad de compensación térmica en los ectotermos. Esto incluye ajustes en la actividad enzimática mediante cambios en la concentración o propiedades de las enzimas, o la síntesis de isoenzimas a diferentes temperaturas. Por ejemplo, en el hígado de la trucha se detectaron dos tipos de isoenzimas de piruvato cinasa con la estación del año.