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                               Hibridación con
Visualización                  sonda marcada
Análisis de mutaciones por DGGE




                 Exón 10



     Exón 19




                           Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
Análisis por DGGE de mutaciones en el
exón 11 del gen CFTR




        G542
        X
               G551
               D S549X   1717-
                         1G→A


                                       © MJ Alonso

                                 Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
SSCP (polimorfismos conformacionales
de cadena única)
ASP (allele specific PCR)
Secuenciación




Bases   62     61   60   59   58   57


        A      R    G    T    C    A




                                        Laboratorio Pediatría IBGM
Anticipación




                Inestabilidad somática

Diagnóstico




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Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
    Laboratorio Pediatría IBGM
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                 GEN
 GCACTGAATTCCCTGA
 CGTGACTTAAGGGACT


        EcoRI



  GCACTGCATTCCCTGA
  CGTGACGTAAGGGACT
                 GEN


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                                Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
DNA                  Digestión



                                             Electroforesis




       Revelado




                                                Blot




 2/2     1/2   1/1



                                 Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
Laboratorio Pediatría IBGM
POLIMORFISMOS DE RESTRICCIÓN (RFLP)

                GEN




                GEN

                         Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
PCR


                  Digestión


                                                Electroforesis




                       Visualización


2/2   1/1   1/2


                                       Laboratorio Pediatría IBGM/ CSIC
MICROSATÉLITES (VNTR)




   CA CA CA CA CA CA CA CA
    CA CA CA CA CA CA CA CA
      CA CA CA CA CA CA CA CA
       CA CA CA CA CA CA CA CA
         CA CA CA CA CA CA CA CA
          CA CA CA CA CA CA CA CA




          CA CA CA CA CA
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                            Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
1   1                     1
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4   4       4

            Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
1   1                      1
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4   4       4




            Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
RFLP NcoI (intrón 1) TNF-β




                       Laboratorio Pediatría IBGM
Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
Composición de los cromosomas en
            metafase
• Patrón de bandas   • Características
                     •   ADN rico en AT (55-60%)
• Bandas G/Q         •   Replicación tardía en fase S
                     •   Contiene pocos genes (la mayor
                         parte específicos de tejido)
                     •   Abundantes miembros L1


• Bandas R           •   ADN rico en GC (50-60%)
                     •   Replicación precoz en fase S
                     •   Contiene la mayoría de los
                         genes
                     •   Rico en secuencias Alu
                     •   Abundantes islas CpG
BANDAS C
Cuantificación de cromosomas mediante FISH
         rápido prenatal en interfase

•Las trisomías del 13, 18, 21 y la monosomía del X son las

aneuploidías más frecuentes relacionadas con la edad materna

y las anomalías fetales

•El cariotipado prenatal precisa de 8 a 14 días para llevarse a

cabo

•El FISH prenatal un screening rápido de aneuploidías en

células de líquido amniótico no cultivadas en 2-3 días
Indicaciones clínicas diagnóstico rápido
             prenatal mediante FISH

•Sospecha de anomalía cromosómica y/o embarazo avanzado

(20 semanas)



•Estudio ecográfico sugerente de aneuploidía



•Edad materna avanzada



•Indicación bioquímica de aneuploidía fetal
50kb




Sd. Williams-Beuren (Cr 7)
Transtornos monogénicos para los que existe detección selectiva
familiar y diagnóstico prenatal mediante estudio del ADN

•Neurofibromatosis               Ligamto./mutación directa
•Distrofia miotónica             Mutación directa
•A. Falciforme                   Mutación directa
•X frágil                        Mutación directa
•Hemofilia A                     Ligamto./mutación directa
•E. De Huntington                Mutación directa
•D. M. Duchenne                  Ligamto./mutación directa
•Cáncer de mama familiar         Rastreo/ ligamiento
•Hemocromatosis                  Mutación directa
•Fibrosis quística               Ligamto./mutación directa
INDICACIONES PARA EL DIAGNÓSTICO PRENATAL MEDIANTE
AMNIOCENTESIS



•EDAD MATERNA>35 AÑOS
•UN HIJO ANTERIOR CON ANOMALÍA CROMOSÓMICA
•Hª DE ANOMALÍA CROMOSÓMICA EN UNO DE LOS PADRES
•Hª FAMILIAR DE DEFECTO GENÉTICO DIAGNOSTICABLE MEDIANTE
ANÁLISIS BIOQUÍMICO O DEL DNA
•RIESGO DE D.T.N.
ERRORES CONGÉNITOS DEL METABOLISMO DIAGNOSTICABLES
MEDIANTE AMNIOCENTESIS Y/O C.V.S


   Aminoácidos
       •Orina de jarabe de arce
       •Acidemia metilmalónica
   Hidratos de Carbono
       •Glucogenosis tipo 2
       •Galactosemia
   Ezs. lisosómicas
       •Gangliosidosis
       •Mucopolisacaridosis
       •Enf. de Tay-Sachs
   Met. De las purinas
       •Lesh Nyham
   Met. Peroxisómico
       •Enf. de Zellweger
Diagnóstico genético preimplantacional

• Uso de técnicas moleculares o citogenéticas durante la
  fertilización in vitro (FIV) con el fin de seleccionar
  embriones libres de una determinada característica
  genética antes de ser transferidos al útero.
• Esta tecnología se desarrolló con el objeto de ofrecer
  una opción a las parejas con un riesgo significativo de
  una enfermedad genética severa, pero que se oponen al
  aborto.
• El diagnóstico genético preimplantacioal se realiza a
  partir de una sola célula de una blastómera de 6-10
  células tras la FIV.
Diagnóstico genético preimplantacional

         Reproducción asistida
             Fecundación in vitro

          Cultivo embrionario in vitro




            Día +1           Día +2      Día +3
Diagnóstico genético preimplantacional

          Biopsias embrionarias
              Micromanipulación
Diagnóstico genético preimplantacional


                Biopsias embrionarias
           Abertura parcial de la zona pelúcida




  Disolución química/mecánica            Láser
Diagnóstico genético preimplantacional


          Biopsias embrionarias
           Extracción de blastómeros


                            •Células íntegras
                            •Células con núcleo
                            •Una/dos células
Diagnóstico genético preimplantacional

  Margen de tiempo: 3 días post-inseminación
  Las células se analizan por FISH para las anomalías
    cromosómicas o PCR para análisis mutacional.
  Los embriones seleccionados pueden implantarse al final
    del día.
Diagnóstico genético preimplantacional


  • Ventajas:
    – Diagnóstico muy precoz
    – Sólo se transfieren embriones no afectos (o
      portadores)

  • Desventajas:
    – El coste es muy elevado.
    – Baja tasa de éxito en la implantación
    – Se descartan embriones afectados o no
      utilizados. Lo que puede plantear dilemas éticos.
aa         Aa     AA            ♀
Bajo                           Alto


                                      Bajo   Alto




       aabb aaBb   aaBB AaBB AABB
            Aabb   AaBb AABb
                   AAbb
Bajo                           Alto
                                         ♂


                                      Bajo   Alto


Bajo                           Alto
Riesgo de recurrencia (%) en la estenosis pilórica

Familiares    Probandos masculinos       Probandos femeninos
               Londres    Belfast        Londres     Belfast

Hermanos          3,8         5,6           9,2           12,5

Hermanas          2,7         3,0           3,8           3,8
Riesgo de recurrencia en las enfermedades poligénicas

1. Mayor si hay más de 1 afecto en la familia.

2. Mayor si el probando presenta una forma severa.

3. Mayor si el probando es del sexo menos frecuentemente afectado.

4. Disminución rápida del riesgo en familiares más lejanos.

5. El riesgo está relacionado con la prevalencia en la población




Algunas enfermedades se comportan                     Aa
como monogénicas y multifactoriales
al mismo tiempo                                  aa
                                                           AA
Causas genéticas y causas medioambientales en la enfermedad

  1. Estudios en gemelos:
          gemelos MZ vs. DZ ----- concordancia vs. discordancia

                      Del mismo sexo

  Para rasgos cuantitativos -------> coeficiente de correlación
  interclases

  para un rasgo totalmente determinado por los genes:
                                               genes
                  CCI MZ=1,0
                  CCI DZ=0,5

  para un rasgo totalmente determinado por el ambiente:
                                              ambiente
                  CCI MZ=CCI DZ
  Heredabilidad h=2(CMZ-CDZ)

  h≈1,0 cuando CMZ ≈ 1,0 y CDZ ≈0,5
Algunas tasas de concordancia en gemelos MZ y DZ


  Rasgo o enf.                Concordancia        Heredabilidad
                              MZ     DZ
  Transtorno bipolar          0,79     0,24           1,0
  Alcoholismo                >0,60    <0,30           0,60
  Autismo                     0,92     0,0           >1,0
  Presión arterial (diast)    0,58     0,27           0,62
  Presión arterial (sist.)    0,55     0,25           0,60
  Labio leporino/P.H.         0,38     0,08           0,60
  Dermatoglifos               0,95     0,49           0,92
  Diabetes Mellitus (TI)      0,35-0,5 0,05-0,1       0,6-0,8
  Diabetes Mellitus (TII)     0,7-0,9 0,25-0,4        0,9-1,0
  Epilepsia (idiopática)      0,69     0,14          >1,0
  Estatura                    0,94     0,44           1,0
  Sarampión                   0,95     0,87           0,16
  Esclerosis múltiple         0,28     0,03           0,50
  Infarto (hombres)           0,39     0,26           0,26
  Infarto (mujeres)           0,44     0,14           0,60
  Esquizofrenia               0,47     0,12           0,70
  Espina bífida               0,72     0,33           0,78
Causas genéticas y causas medioambientales en la enfermedad

  2. Estudios de adopción:

  tasas de enfermedad en hijos de afectados vs. hijos de no afectados



     Posibles sesgos:

    - Factores ambientales prenatales

    - Factores ambientales previos a la adopción
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Diagnóstico genético burgos

  • 1.
  • 2.
  • 3. PCR
  • 4.
  • 5.
  • 6.
  • 7.
  • 8. PCR Blotting por vacío Hibridación con Visualización sonda marcada
  • 9.
  • 10.
  • 11.
  • 12. Análisis de mutaciones por DGGE Exón 10 Exón 19 Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 13. Análisis por DGGE de mutaciones en el exón 11 del gen CFTR G542 X G551 D S549X 1717- 1G→A © MJ Alonso Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 14.
  • 17.
  • 18. Secuenciación Bases 62 61 60 59 58 57 A R G T C A Laboratorio Pediatría IBGM
  • 19. Anticipación Inestabilidad somática Diagnóstico Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 21. Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC Laboratorio Pediatría IBGM
  • 22. D d M m D D d d M m M m 25% 25% 25% 25% Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 23. D d D d M m M m D d D d D d M m M m m M 50% 50% No recombinantes Recombinantes Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 24. 0,4Kb 0,8Kb GEN GCACTGAATTCCCTGA CGTGACTTAAGGGACT EcoRI GCACTGCATTCCCTGA CGTGACGTAAGGGACT GEN 1,2Kb Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 25. DNA Digestión Electroforesis Revelado Blot 2/2 1/2 1/1 Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 27. POLIMORFISMOS DE RESTRICCIÓN (RFLP) GEN GEN Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 28. PCR Digestión Electroforesis Visualización 2/2 1/1 1/2 Laboratorio Pediatría IBGM/ CSIC
  • 29. MICROSATÉLITES (VNTR) CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 30. 1 1 1 2 2 3 3 4 4 4 Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 31. 1 1 1 2 2 3 3 4 4 4 Laboratorio Pediatría IBGM/CSIC
  • 32. RFLP NcoI (intrón 1) TNF-β Laboratorio Pediatría IBGM
  • 34.
  • 35.
  • 36.
  • 37.
  • 38. Composición de los cromosomas en metafase • Patrón de bandas • Características • ADN rico en AT (55-60%) • Bandas G/Q • Replicación tardía en fase S • Contiene pocos genes (la mayor parte específicos de tejido) • Abundantes miembros L1 • Bandas R • ADN rico en GC (50-60%) • Replicación precoz en fase S • Contiene la mayoría de los genes • Rico en secuencias Alu • Abundantes islas CpG
  • 40.
  • 41.
  • 42.
  • 43.
  • 44.
  • 45.
  • 46.
  • 47.
  • 48. Cuantificación de cromosomas mediante FISH rápido prenatal en interfase •Las trisomías del 13, 18, 21 y la monosomía del X son las aneuploidías más frecuentes relacionadas con la edad materna y las anomalías fetales •El cariotipado prenatal precisa de 8 a 14 días para llevarse a cabo •El FISH prenatal un screening rápido de aneuploidías en células de líquido amniótico no cultivadas en 2-3 días
  • 49. Indicaciones clínicas diagnóstico rápido prenatal mediante FISH •Sospecha de anomalía cromosómica y/o embarazo avanzado (20 semanas) •Estudio ecográfico sugerente de aneuploidía •Edad materna avanzada •Indicación bioquímica de aneuploidía fetal
  • 50.
  • 51.
  • 52.
  • 54.
  • 55.
  • 56.
  • 57. Transtornos monogénicos para los que existe detección selectiva familiar y diagnóstico prenatal mediante estudio del ADN •Neurofibromatosis Ligamto./mutación directa •Distrofia miotónica Mutación directa •A. Falciforme Mutación directa •X frágil Mutación directa •Hemofilia A Ligamto./mutación directa •E. De Huntington Mutación directa •D. M. Duchenne Ligamto./mutación directa •Cáncer de mama familiar Rastreo/ ligamiento •Hemocromatosis Mutación directa •Fibrosis quística Ligamto./mutación directa
  • 58. INDICACIONES PARA EL DIAGNÓSTICO PRENATAL MEDIANTE AMNIOCENTESIS •EDAD MATERNA>35 AÑOS •UN HIJO ANTERIOR CON ANOMALÍA CROMOSÓMICA •Hª DE ANOMALÍA CROMOSÓMICA EN UNO DE LOS PADRES •Hª FAMILIAR DE DEFECTO GENÉTICO DIAGNOSTICABLE MEDIANTE ANÁLISIS BIOQUÍMICO O DEL DNA •RIESGO DE D.T.N.
  • 59. ERRORES CONGÉNITOS DEL METABOLISMO DIAGNOSTICABLES MEDIANTE AMNIOCENTESIS Y/O C.V.S Aminoácidos •Orina de jarabe de arce •Acidemia metilmalónica Hidratos de Carbono •Glucogenosis tipo 2 •Galactosemia Ezs. lisosómicas •Gangliosidosis •Mucopolisacaridosis •Enf. de Tay-Sachs Met. De las purinas •Lesh Nyham Met. Peroxisómico •Enf. de Zellweger
  • 60. Diagnóstico genético preimplantacional • Uso de técnicas moleculares o citogenéticas durante la fertilización in vitro (FIV) con el fin de seleccionar embriones libres de una determinada característica genética antes de ser transferidos al útero. • Esta tecnología se desarrolló con el objeto de ofrecer una opción a las parejas con un riesgo significativo de una enfermedad genética severa, pero que se oponen al aborto. • El diagnóstico genético preimplantacioal se realiza a partir de una sola célula de una blastómera de 6-10 células tras la FIV.
  • 61. Diagnóstico genético preimplantacional Reproducción asistida Fecundación in vitro Cultivo embrionario in vitro Día +1 Día +2 Día +3
  • 62. Diagnóstico genético preimplantacional Biopsias embrionarias Micromanipulación
  • 63. Diagnóstico genético preimplantacional Biopsias embrionarias Abertura parcial de la zona pelúcida Disolución química/mecánica Láser
  • 64. Diagnóstico genético preimplantacional Biopsias embrionarias Extracción de blastómeros •Células íntegras •Células con núcleo •Una/dos células
  • 65.
  • 66. Diagnóstico genético preimplantacional Margen de tiempo: 3 días post-inseminación Las células se analizan por FISH para las anomalías cromosómicas o PCR para análisis mutacional. Los embriones seleccionados pueden implantarse al final del día.
  • 67. Diagnóstico genético preimplantacional • Ventajas: – Diagnóstico muy precoz – Sólo se transfieren embriones no afectos (o portadores) • Desventajas: – El coste es muy elevado. – Baja tasa de éxito en la implantación – Se descartan embriones afectados o no utilizados. Lo que puede plantear dilemas éticos.
  • 68.
  • 69. aa Aa AA ♀ Bajo Alto Bajo Alto aabb aaBb aaBB AaBB AABB Aabb AaBb AABb AAbb Bajo Alto ♂ Bajo Alto Bajo Alto
  • 70. Riesgo de recurrencia (%) en la estenosis pilórica Familiares Probandos masculinos Probandos femeninos Londres Belfast Londres Belfast Hermanos 3,8 5,6 9,2 12,5 Hermanas 2,7 3,0 3,8 3,8
  • 71. Riesgo de recurrencia en las enfermedades poligénicas 1. Mayor si hay más de 1 afecto en la familia. 2. Mayor si el probando presenta una forma severa. 3. Mayor si el probando es del sexo menos frecuentemente afectado. 4. Disminución rápida del riesgo en familiares más lejanos. 5. El riesgo está relacionado con la prevalencia en la población Algunas enfermedades se comportan Aa como monogénicas y multifactoriales al mismo tiempo aa AA
  • 72. Causas genéticas y causas medioambientales en la enfermedad 1. Estudios en gemelos: gemelos MZ vs. DZ ----- concordancia vs. discordancia Del mismo sexo Para rasgos cuantitativos -------> coeficiente de correlación interclases para un rasgo totalmente determinado por los genes: genes CCI MZ=1,0 CCI DZ=0,5 para un rasgo totalmente determinado por el ambiente: ambiente CCI MZ=CCI DZ Heredabilidad h=2(CMZ-CDZ) h≈1,0 cuando CMZ ≈ 1,0 y CDZ ≈0,5
  • 73. Algunas tasas de concordancia en gemelos MZ y DZ Rasgo o enf. Concordancia Heredabilidad MZ DZ Transtorno bipolar 0,79 0,24 1,0 Alcoholismo >0,60 <0,30 0,60 Autismo 0,92 0,0 >1,0 Presión arterial (diast) 0,58 0,27 0,62 Presión arterial (sist.) 0,55 0,25 0,60 Labio leporino/P.H. 0,38 0,08 0,60 Dermatoglifos 0,95 0,49 0,92 Diabetes Mellitus (TI) 0,35-0,5 0,05-0,1 0,6-0,8 Diabetes Mellitus (TII) 0,7-0,9 0,25-0,4 0,9-1,0 Epilepsia (idiopática) 0,69 0,14 >1,0 Estatura 0,94 0,44 1,0 Sarampión 0,95 0,87 0,16 Esclerosis múltiple 0,28 0,03 0,50 Infarto (hombres) 0,39 0,26 0,26 Infarto (mujeres) 0,44 0,14 0,60 Esquizofrenia 0,47 0,12 0,70 Espina bífida 0,72 0,33 0,78
  • 74. Causas genéticas y causas medioambientales en la enfermedad 2. Estudios de adopción: tasas de enfermedad en hijos de afectados vs. hijos de no afectados Posibles sesgos: - Factores ambientales prenatales - Factores ambientales previos a la adopción

Notas del editor

  1. ICSI: necesaria en casos de factor masculino asociado (p.ejemplo en portadores de translocaciones) y obligada siempre que el DGP se aborde por PCR. Algunos centros recurren siempre a ICSI en ciclos de DGP para asegurar fecundación, depende del centro. Revisión de datos del Consortium: .......... 81% de los embriones presentan 6-8 células en dia +3 y permiten ser biopsiados.
  2. Obtención de las biopsias requiere de la utilización de micromanipuladores. En primer lugar se inmoviliza el embrión y se procede a realizar una abertura en la ZP. Método mecánico, disolución parcial (enzimática, medio ácido, haz de láser). Pequeño tamaño (aprox. 50 um). A continuación se procede a retirar una célula mediante succión con una pipeta (aprox. 40 um de diámetro). Cuidadosamente para no lisar (estropear la célula). VIP= el diagnóstico se va a basar en la célula retirada.
  3. Obtención de las biopsias requiere de la utilización de micromanipuladores. En primer lugar se inmoviliza el embrión y se procede a realizar una abertura en la ZP. Método mecánico, disolución parcial (enzimática, medio ácido, haz de láser). Pequeño tamaño (aprox. 50 um). A continuación se procede a retirar una célula mediante succión con una pipeta (aprox. 40 um de diámetro). Cuidadosamente para no lisar (estropear la célula). VIP= el diagnóstico se va a basar en la célula retirada.
  4. Obtención de las biopsias requiere de la utilización de micromanipuladores. En primer lugar se inmoviliza el embrión y se procede a realizar una abertura en la ZP. Método mecánico, disolución parcial (enzimática, medio ácido, haz de láser). Pequeño tamaño (aprox. 50 um). A continuación se procede a retirar una célula mediante succión con una pipeta (aprox. 40 um de diámetro). Cuidadosamente para no lisar (estropear la célula). VIP= el diagnóstico se va a basar en la célula retirada.