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Seminary
Molecular Biology
By: Mateo Arango
Carlos Cano
2015
A. DNA DAMAGE
DNA damage can arise from the incorporation of incorrect bases
during DNA replication or spontaneous changes as a result of
exposure to chemical agents such as radiation.
There are many mechanisms for DNA repair as:
• Direct reversal of DNA damage
• Excision repair mechanism
• Recombination
• Repair of double helix
• Mismatches
NER
BER
1. Introduction
B. APOPTOSIS
Is the process by which the cell dies product of and extra
or intracellular stimulus and is used to maintein the
cellular homeostasis.
C. P53
It is a protein that regulates gene
expression by binding to DNA and can
stop the cell cycle. Even induce
apoptotic cell process up regulating
pro-apoptotic genes.
• CIRP is the contraction for: “Cold-inducible RNA-binding Protein”.
• Is a protein that is induced by dna damage and control various
cellular responses.
D. CIRP
Ultraviolet
light
Hypoxia
Hypothermia
Up-Regulate by
• CIRP migrates from the nucleus to the cytoplasm and is
constitutively expressed in various tissues and upregulated in
human tumors.
2. Objective
The authors' goal was to investigate the biological role
of CIRP in apoptosis by regulating pro and anti
apoptotic genes using an etoposide-induced apoptosis
model.
ETOPOSIDE Anti-cancer drug
that inhibits the
topoisomerase II
3. Materiales y Métodos
Transfección
• La transfección consiste en la introducción
de material genético externo en células
eucariotas mediante plásmidos, vectores víricos u
otras herramientas para la transferencia.
• La transfeccion se utilizó en este estudio para
implementar el gen del CIRP y sobreexpresarlo en
células previamente preparadas en un medio
contolado.
Western Blot
• Es una variación de la transferencia Southern.
• Las proteínas procedentes de extractos
celulares son separadas por electroforesis
(SDS-PAGE) según su tamaño, después las
proteínas se transfieren a un filtro que se incuba
con anticuerpos que reaccionan con la proteína
que es sujeto de prueba.
PCR
La PCR es una técnica cuyo objetivo es la amplificación directa de
un gen o un fragmento de DNA o indirecta de un RNA.
Consta de 3 etapas
1. Desnaturalizacion: Se calienta para separar las dos hebras de
DNA.
2. Alineamiento: Hibridación de hebras sencillas con primers y
DNTps.
3. Síntesis: Etapa de amplificación donde la DNA polimerasa elonga
primers utilizando molde de hebras.
Esta técnica es utilizada en el estudio para amplificar el gen de
CIRP de placenta humana e introducirlo en las células competentes.
Viabilidad Celular
• La viabilidad celular se refiere a la proporción de
células que sobreviven a alguna situación particular.
• En este estudio se utilizó para ver la viabilidad o no
de las células ante el tratamiento con etopósido.
• Se usó azul de triptano como colorante que permite
diferenciar células vivas de muertas.
Citometría de Flujo
• Es una tecnología compleja que permite analizar una
población celular proporcionando una amplia variedad de
parámetros que van desde tamaño celular hasta medidas
de densidad.
• Esta prueba fue realizada para determinar el número de
células en apoptosis y necrosis sobre la población total
de células utilizando Annexin-V junto con PI (Ioduro de
propidio).
• La prueba fue repetida tres veces de manera
independiente para confirmar datos.
4. Resultados
RESULTADOS: FIG 1A
RESULTADOS: FIG 1 B-C
RESULTADOS: FIG 1 D
RESULTADOS: FIG 1 E
RESULTADOS: FIG 2 A
RESULTADOS: FIG 2 B
RESULTADOS: FIG 2 C
RESULTADOS: FIG 2 D
RESULTADOS: FIG 3 A
RESULTADOS: FIG 3 B
RESULTADOS: FIG 3 C
RESULTADOS: FIG 4 A
RESULTADOS: FIG 4 B
RESULTADOS: FIG 4 C
RESULTADOS: FIG 4 D
5. Discussion
DISUSSION
6. CONCLUSIONS
CONCLUSIONS
1. Thanks to knowing all the articule and what it means, we
realized that the line between life and dead its too short and
our cells have to be in balance to keep their life and do what
they do. Keep us alive.
2. The cells are a filantropist organism. The community interests
are before individual interests. But, they can change their
minds and individual interests are before community interests.
Here, its the cancer.
CONCLUSIONS
3. Knowing about CIRP, p53 and apoptotic process help the
scientific community to understand the misterys of cells process
that affect us directly and act there for diseases treatments.
4. CIRP its a interesting protein that in further studies could be
target for a lot of anticancer drugs.
Mateo Arango
Carlos Cano
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Seminario CIRP

  • 1. Seminary Molecular Biology By: Mateo Arango Carlos Cano 2015
  • 2. A. DNA DAMAGE DNA damage can arise from the incorporation of incorrect bases during DNA replication or spontaneous changes as a result of exposure to chemical agents such as radiation. There are many mechanisms for DNA repair as: • Direct reversal of DNA damage • Excision repair mechanism • Recombination • Repair of double helix • Mismatches NER BER 1. Introduction
  • 3. B. APOPTOSIS Is the process by which the cell dies product of and extra or intracellular stimulus and is used to maintein the cellular homeostasis.
  • 4. C. P53 It is a protein that regulates gene expression by binding to DNA and can stop the cell cycle. Even induce apoptotic cell process up regulating pro-apoptotic genes.
  • 5. • CIRP is the contraction for: “Cold-inducible RNA-binding Protein”. • Is a protein that is induced by dna damage and control various cellular responses. D. CIRP Ultraviolet light Hypoxia Hypothermia Up-Regulate by • CIRP migrates from the nucleus to the cytoplasm and is constitutively expressed in various tissues and upregulated in human tumors.
  • 6. 2. Objective The authors' goal was to investigate the biological role of CIRP in apoptosis by regulating pro and anti apoptotic genes using an etoposide-induced apoptosis model. ETOPOSIDE Anti-cancer drug that inhibits the topoisomerase II
  • 7. 3. Materiales y Métodos
  • 8. Transfección • La transfección consiste en la introducción de material genético externo en células eucariotas mediante plásmidos, vectores víricos u otras herramientas para la transferencia. • La transfeccion se utilizó en este estudio para implementar el gen del CIRP y sobreexpresarlo en células previamente preparadas en un medio contolado.
  • 9. Western Blot • Es una variación de la transferencia Southern. • Las proteínas procedentes de extractos celulares son separadas por electroforesis (SDS-PAGE) según su tamaño, después las proteínas se transfieren a un filtro que se incuba con anticuerpos que reaccionan con la proteína que es sujeto de prueba.
  • 10. PCR La PCR es una técnica cuyo objetivo es la amplificación directa de un gen o un fragmento de DNA o indirecta de un RNA. Consta de 3 etapas 1. Desnaturalizacion: Se calienta para separar las dos hebras de DNA. 2. Alineamiento: Hibridación de hebras sencillas con primers y DNTps. 3. Síntesis: Etapa de amplificación donde la DNA polimerasa elonga primers utilizando molde de hebras. Esta técnica es utilizada en el estudio para amplificar el gen de CIRP de placenta humana e introducirlo en las células competentes.
  • 11.
  • 12. Viabilidad Celular • La viabilidad celular se refiere a la proporción de células que sobreviven a alguna situación particular. • En este estudio se utilizó para ver la viabilidad o no de las células ante el tratamiento con etopósido. • Se usó azul de triptano como colorante que permite diferenciar células vivas de muertas.
  • 13. Citometría de Flujo • Es una tecnología compleja que permite analizar una población celular proporcionando una amplia variedad de parámetros que van desde tamaño celular hasta medidas de densidad. • Esta prueba fue realizada para determinar el número de células en apoptosis y necrosis sobre la población total de células utilizando Annexin-V junto con PI (Ioduro de propidio). • La prueba fue repetida tres veces de manera independiente para confirmar datos.
  • 33. CONCLUSIONS 1. Thanks to knowing all the articule and what it means, we realized that the line between life and dead its too short and our cells have to be in balance to keep their life and do what they do. Keep us alive. 2. The cells are a filantropist organism. The community interests are before individual interests. But, they can change their minds and individual interests are before community interests. Here, its the cancer.
  • 34. CONCLUSIONS 3. Knowing about CIRP, p53 and apoptotic process help the scientific community to understand the misterys of cells process that affect us directly and act there for diseases treatments. 4. CIRP its a interesting protein that in further studies could be target for a lot of anticancer drugs.