El diagnóstico microbiológico tiene como propósitos identificar rápidamente el agente causante de una infección, facilitar el tratamiento específico y prevenir la propagación de epidemias. Consta de etapas como la selección y recolección adecuada de muestras, su transporte al laboratorio y procesamiento correcto. Puede ser directo, mediante la visualización o cultivo del microorganismo, o indirecto, basado en la detección de anticuerpos u otras respuestas inmunes al agente.