Este documento describe el papel fundamental de las bacterias en los sistemas acuapónicos. Las bacterias se encargan de mineralizar los residuos orgánicos generados por los peces en minerales asimilables por las plantas a través de la degradación completa de los compuestos a sus constituyentes minerales. También llevan a cabo la biofiltración para transformar compuestos tóxicos como el amoníaco y amonio en nitratos que las plantas pueden utilizar. Las bacterias nitrificantes como Nitrosomas sp. y N