La Dirección General de Planeamiento e Innovación Educativa tiene como objetivos fortalecer el uso de la información, los recursos humanos y el planeamiento estratégico. Está compuesta por áreas como la Unidad de Planes y Proyectos, el Centro de Información, y unidades de estadística, TICs y evaluación educativa. Algunos de sus proyectos son el Plan de Lectura, la evaluación de aprendizajes, el desarrollo de comunidades de aprendizaje y la estadística educativa.