COVID

1. Coronavirus en
continuo flujo: del
SARS-CoV al SARS-CoV-2
Karen Lilian Rivera Alvarado
Residente 2do año de Alergia e Inmunología Clínica CMN SXXI
Resúmenes Jaque Mate COMPEDIA 2021
Artículo 54
Advanced Science, Volume: 7, Issue: 20, First published: 24 June 2020, DOI: (10.1002/advs.202001474)

2. 2
Estructura genómica del SARS-COV-2
Infección y síntesis de ARN del SARS-COV-2
Síntomas clínicos
Interacciones huésped patógeno
Posible métodos terapéuticos

3. 3
Línea de tiempo
Sp y nsp
Linaje
Genética
2019
2012
2003
1er brote por SARS en
China: 8 mil infeccionesr
y 774 muertes en 37
paísesr sky and the deep
sea
SARS-COV-2 con
pandemia actual
d courage
Black is the color of ebony
and of outer space
White is the color of milk
and fresh snow
Blue is the colour of the
clear sky and the deep sea
MERS en Medio Oriente:
2499 infecciones con
861 muertes
Subfamilia Coronavirinae en la familia Coronaviridae dentro del orden Nidovirales (alfa-delta)
Genéro betacoronavirus (A-D) pertenecen al linaje B
Contiene 14 marcos de lectura abiertos (ORF) que codifican 27 proteínas virales
ORF1a y ORF1b codifican
• Polipéptidos pp1a y pp1ab procesados por Quimiotripsina y Proteasa similar a papaína (PL),
produciendo poteínas no estructurales: nsp1-nsp10 y nsp12-nsp16
Otros ORF codifican
• Poteínas estructurales: proteínas de membrana (M), envoltura (E), nucleocápsida (N) spike (S),
así como ocho proteínas accesorias (3a, 3b, p6, 7a, 7b, 8b, 9b y orf14).

4. Estructura genómica de SARS‐CoV‐2 y otros CoV

5. La estructura genómica del SARS-CoV-2
La proteína S trimérica contienesubunidades S1 y S2, la primera
uniéndose al receptor del hospedero, mientras que la última
media la fusión de la membrana.
El dominiode uniónal receptor (RBD) en S1 contiene una
estructura central y un motivo de unión al receptor que se une a la
superficie exterior de la estructura en forma de garra de la ACE2.
• Se ha demostrado que existen 14 puntos de contacto, 9 son
completamente conservados y 4 están parcialmente
conservados entre el SARS-CoV-2 y el SARS-CoV.
• El sitio de escisión de la proteasa S1 / S2 causa un sitio de
reconocimiento de furina "RRAR" en el SARS-CoV-2, en lugar
de la arginina en el SARS-CoV, lo que sugiere que sea el motivo
por el cual el SARS- CoV-2 sea más infeccioso.
• CoV se une a AP N y DPP4. , pero SARS-COV-2 no
5
■ Apariencia característica en forma de corona.
■ Bicapa de fosfolípidos en la superficie externa del
virus está incrustada con proteínas de fusión S de
clase I homotriméricas densamente glicosiladas,
todas las cuales envuelven el virión. Colocalización
de prot M y E.
■ En su interior hay una nucleocápside compuesta de
ARN genómico y proteínas N fosforiladas

6. ■ RBD de S1 experimentan
cambios conformacionales en
forma de bisagra que
permiten que uno de los tres
RBD asuma la conformación
"arriba",, mientras que los
otros RBD adoptan la
conformación "abajo"
■ Lo anterior es similar al observado
en SARS-CoV difiriendo en que sus
RBD están en la conformación
"cerca del dominio N-terminal,
mientras que en el SARS-CoV-2 en
centro del homotrímero
■ La subunidad S1 se
une a un receptor de
la célula huésped
dando como resultado
una inestabilidad del
trímero de prefusión
y, presumiblemente,
una fuerte
infectividad
■ Los dominios de repetición de
heptada 1 y 2 (HR1 y HR2) en la
subunidad S2 interactúan
entre sí para formar un núcleo
de fusión de haz de seis
hélices, lo que desencadena la
fusión de la membrana.
■ SARS-CoV-2 tiene una inserción en
el sitio de escisión de la proteasa S1
/ S2 y que el virus utiliza la proteasa
TMPRSS2 y la catepsina L para el
cebado de la proteína S, que puede
preparar la proteína para la fusión
de la membrana mediante cambios
conformacionalesirreversibles
6
Infección y síntesis de ARN
Reordenamientos estructurales destinados a la posterior fusión de la membrana

7. El receptor ACE2 es estabilizado por un transportador de aminoácidos
neutro BAT1 que acomoda dos trímeros de proteína S. Los cambios
conformacionales inducidos en el ACE2 se logran mediante la rotación
de los dominios peptidasa N-terminal
Pasos de fusión y el proceso de síntesis de ARN de los CoV

8. Endocitosis con participación de PIK y Canales Porosos subtipo2 (TPC2)
ME: modifican de manera elaborada las membranas intracelulares para
formar Vesículas de doble membrana (DMV)
Polipéptidos pp1a y pp1ab procesados por Quimiotripsina y Proteasa
similar a papaína (PL), produciendo poteínas no estructurales: nsp1-nsp10
y nsp12-nsp16

9. La síntesis de ARN de CoV se realiza mediante un complejo de replicación-transcripción (RTC).
Algunas proteínas CoV se transportan al núcleo para reclutar la helicasa DDX1 que funciona en el RTC para facilitar la síntesis de ARNm
subgenómicos (ARNmg )

10. La síntesis de ARN de CoV se realiza mediante un complejo de replicación-
transcripción (RTC).
Algunas proteínas CoV se transportan al núcleo para reclutar la helicasa DDX1 que
funciona en el RTC para facilitar la síntesis de ARNm subgenómicos (ARNmg)
El ARN genómico sirve como molde para formar ARN subgenómicos de hebra negativa (sgRNA), que posteriormente se utilizan para
la síntesis de múltiples copias que posteriormente codificarán proteínas estructurales virales y proteínas accesorias.
Finalmente, el ARNg viral y las proteínas importantes se ensamblan en partículas virales, pasan por el complejo intermedio ER-Golgi
(ERGIC) que luego son secretadas al exterior.

11. Síntomas clínicos, alteraciones bioquímicas y radiológicas
■ Síntomas más comunes al
inicio de la infección por
SARS-CoV-2 son fiebre, tos
seca y mialgia o fatiga; los
síntomas menos comunes
incluyen dolor de cabeza,
producción de esputo,
hemoptisis y diarrea.
■ Linfopenia
■ >creat, >BUN, >CK
■ >PFH (AST, ALT)
■ Dímero D
11
■ Neumonía bilateral y periférica,
opacidad en vidrio deslustrado y
consolidación parcheada, siendo el
lóbulo inferior derecho más
susceptible a la infección.
■ Moteado múltiple
■ Neumotórax
■ Derrames pleurales
■ Linfadenopatía
■ Nódulos y cambios quísticos

12. Interacciones hospedero-patógeno
■ Durante la infección por SARS-
CoV, una producción retrasada
pero hiperactiva de citocinas y
quimiocinas, induce
respuestas inmunitarias
innatas desreguladas, lo que
provoca una exacerbación de
los síntomas en los pacientes
12
IL1 β, IL1RA, IL7, IL8,
IL9, IL10, IFN γ ,
proteína 10 iIFN-g,
TNF-a, proteína
quimioatrayente de
monocitos 1 (MCP1),
proteína inflamatoria
de macrófagos (MIP)
IL2, IL7, IL10, IP10, MCP1,
MIP1A y TNF α fue mucho
mayor en pacientes más
graves
Citocinas

13. Linfopenia ■ Debida a deterioro de órganos linfoides secundarios como el
bazo y los ganglios linfáticos mediado por el SARS-CoV-2
producida tras infección de macrófagos CD169 + residentes en
tejidos , que tienen ACE2 y apoptosis de linfocitos a través de la
mejora de la expresión de Fas.
■ Cél T CD4 + se reducen en enfermedad leve y grave en
comparación con personas sanas, mientras que CD8 +sólo se
reduce en graves. A pesar de ello, cél T CD4 viran a Th1 con una
>expresión GM-CSF e IL-6.
■ Alto grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células T CD4 + y CD8 + , indicativo de
agotamiento de las células T
■ No se han observado cambios significativos en el número de
células B y células NK.
■ > expresión de NKG2A en NK y CD8 + , lo que también indica el agotamiento funcional
13

14. Inmunoglobulinas
■ Expresión de células secretoras de anticuerpos, células T
auxiliares foliculares (células T FH ), células T CD38 + HLA-
DR + CD4 + , células T CD8 + y Anticuerpos IgM e IgG que se
unen al SARS-CoV-2 en el torrente sanguíneo antes de la
recuperación sintomática.
■ Títulos de anticuerpos más altos de IgG se correlacionaN con
un peor resultado clínico, lo que sugiere un posible aumento
de la infección por SARS-CoV-2 dependiente de anticuerpos.
14

15. Vía del interferón tipo I durante la infección por SARS-CoV y mecanismos moduladores,
exclusión de Proteasa Papaína-Like PLpro .

16. Advanced Science, Volume: 7, Issue: 20, First published: 24 June 2020, DOI: (10.1002/advs.202001474)
Funciones de la Proteasa Papaína-Like PLpro .

17. Fármacos dirigidos a enzimas
virales:
• Inhibe el proceso de replicación
viral a múltiples niveles
• Se une a la helicasa
• Forma 2-9 enlaces de
hidrógeno con PLpro

18. Advanced Science, Volume: 7, Issue: 20, First published: 24 June 2020, DOI: (10.1002/advs.202001474)
• La cloroquina / hidrocloroquina
suprimen la infección por virus
aumentando el pH endosómico.
• El tocilizumab frena la
inmunopatología impulsada por
el SARS ‐ CoV ‐ 2 al dirigirse al
receptor de IL ‐ 6.
• El meplazumab se dirige a un
receptor CD147 del huésped
potencial.
• El baricitinib reduce la
inflamación e inhibe la entrada
viral al unirse a AAK1, JAK y
GAK.
• La teriflunomida interfiere en la
síntesis de pirimidina mientras
que Carolacton interfiere en la
síntesis de purina.
• Las células madre
mesenquimales pueden reducir
la tormenta de citocinas.
Enfoques de tratamiento basados en el anfitrión

19. 19
Terapias con proteínas anti proteina S y otras terapias potentes
Anticuerpo 47D11:
Infección por SARS-
CoV
RBD Se dirige a la estructura central conservada del S1 RBD de SARS-
CoV-2
VHH-72-IgGFc: Virus
pseudotipados del
SARS-CoV S
Proteína S Interrumpe la dinámica de RBD y la unión al receptor, y
neutraliza los pseudovirus del SARS-CoV-2 S
EK1CA: SARS-CoV,
MERS-CoV, HCoV-
OC43, HCoV-NL63 y
HCoV-229E
Dominio HR1 Inhibe la fusión célula-célula y la infección por pseudovirus
IPB02: Virus
pseudotipados del
SARS-CoV
Un
intermedio
antes de la
horquilla
Se une a la subunidad S2 que se encuentra en un intermedio
anterior a la horquilla
Proteína ACE2
recombinante:
Infección por SARS-
CoV
Proteína S Inhibe la entrada de virus a las células.
Sistema CRISPR /
Cas13d
El genoma
viral
Inhibe el proceso de replicación viral

20. 20
¿Cúal de las siguientes cepas derivadas de murciélagos de CoV
son las que comparten una identidad de secuencia de ≈88% con el
SARS-CoV-2?
a.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC20
b.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC21
c.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC22
d.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC23
¿Cúal de las siguientes opciones, es un indicador de agotamiento de las
células T?
a.- Alto grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células T CD4 + y
CD8 +
b.- Bajo grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células T CD4 + y
CD8 +
c.- Alto grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células NK
d.- Alto grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células B

21. 21
¿Cúal de las siguientes cepas derivadas de murciélagos de CoV
son las que comparten una identidad de secuencia de ≈88% con el
SARS-CoV-2?
a.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC20
b.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC21
c.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC22
d.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC23
¿Cúal de las siguientes opciones, es un indicador de agotamiento de las
células T?
a.- Alto grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células T CD4 + y
CD8 +
b.- Bajo grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células T CD4 + y
CD8 +
c.- Alto grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células NK
d.- Alto grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células B

22. 22
¿Cúal de las siguientes cepas derivadas de murciélagos de CoV
son las que comparten una identidad de secuencia de ≈88% con el
SARS-CoV-2?
a.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC20
b.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC21
c.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC22
d.- bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC23
¿Cúal de las siguientes opciones, es un indicador de agotamiento de las
células T?
a.- Alto grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células T CD4 + y
CD8 +
b.- Bajo grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células T CD4 + y
CD8 +
c.- Alto grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células NK
d.- Alto grado de coexpresión de Tim3 + PD-1 + en las células B

23. 23
a.- Inhibe la síntesis de purinas
b.- Aumenta el pH endosómico y Reduce la carga viral respiratoria y
disminuye la duración del transporte de SARS-CoV-2
c.- Frena la inmunopatología impulsada por el SARS-CoV-2
d.- Inhibe la entrada del virus en las células huésped y se une a la
ciclofilina A
En relación a las inmunoglobulinas, elige la opción correcta
a.- Títulos de anticuerpos más altos de IgG se correlacionan con un peor
resultado clínico
b.- Títulos de anticuerpos más bajos de IgG se correlacionan con un peor
resultado clínico
c.- Títulos de anticuerpos más altos de IgE se correlacionan con un peor
resultado clínico
d.- Títulos de anticuerpos más bajos de IgA se correlacionan con un peor
resultado clínico
¿Cúal es el mecanismo por el que actúa la
Cloquina/hidroxicloroquina contra la infección por SARS-CoV-
2?

24. 24
a.- Inhibe la síntesis de purinas
b.- Aumenta el pH endosómico y Reduce la carga viral respiratoria y
disminuye la duración del transporte de SARS-CoV-2
c.- Frena la inmunopatología impulsada por el SARS-CoV-2
d.- Inhibe la entrada del virus en las células huésped y se une a la
ciclofilina A
En relación a las inmunoglobulinas, elige la opción correcta
a.- Títulos de anticuerpos más altos de IgG se correlacionan con un peor
resultado clínico
b.- Títulos de anticuerpos más bajos de IgG se correlacionan con un peor
resultado clínico
c.- Títulos de anticuerpos más altos de IgE se correlacionan con un peor
resultado clínico
d.- Títulos de anticuerpos más bajos de IgA se correlacionan con un peor
resultado clínico
¿Cúal es el mecanismo por el que actúa la
Cloquina/hidroxicloroquina contra la infección por SARS-CoV-
2?

25. 25
a.- Inhibe la síntesis de purinas
b.- Aumenta el pH endosómico y Reduce la carga viral respiratoria y
disminuye la duración del transporte de SARS-CoV-2
c.- Frena la inmunopatología impulsada por el SARS-CoV-2
d.- Inhibe la entrada del virus en las células huésped y se une a la
ciclofilina A
En relación a las inmunoglobulinas, elige la opción correcta
a.- Títulos de anticuerpos más altos de IgG se correlacionan con un peor
resultado clínico
b.- Títulos de anticuerpos más bajos de IgG se correlacionan con un peor
resultado clínico
c.- Títulos de anticuerpos más altos de IgE se correlacionan con un peor
resultado clínico
d.- Títulos de anticuerpos más bajos de IgA se correlacionan con un peor
resultado clínico
¿Cúal es el mecanismo por el que actúa la
Cloquina/hidroxicloroquina contra la infección por SARS-CoV-
2?