Los principales puertos de Panamá, como Balboa y Cristóbal, están bajo la administración de Panama Ports Company, mientras que nuevos puertos como Evergreen en Colon Container Terminal y Petroterminales de Panamá en Charco Azul y Chiriquí Grande son operados por empresas privadas. Panamá se está convirtiendo en el principal centro de transbordo de contenedores de América Latina y el Caribe, especialmente en el área de Coco Solo Norte, que está experimentando un fuerte crecimiento portuario.