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By Diana Grecco Herrera
                        & Daniel Gallego González
                          Pontificial Bolivarian University
                                       Faculty of Medicine
                                        Molecular Biology
                                               III Semester
                                                     2013 - I




Methicillin-resistant Staphylococcus aureus
   ST30-SCCmec IVc clone as the major
 cause of community-acquired invasive
           infections in Argentina
ORIGINAL ARTICLE

Authors:

              • S. Fernandez;
              • L. de Vedia;
              • M. Lopez;
              • N. Gardella;
              • S. Di Gregorio;
              • M. Ganaha; et al.
ORIGINAL ARTICLE

 Short communication.

 Article history:
  • Received 5 October 2012.
  • Received in revised form
    18th December 2012.
  • Accepted 19th December 2012.
  • Available online January 20th.
  • Published by Elsevier.
INTRODUCTION

 STAPHYLOCOCCUS

                   • Genus of Gram-positive
                   bacteria.
                   • 32 species most of wich
                   are animal pathogens or
                   commensals.
                   • Aerobic and facultative
                   anaerobic.
                   • 1μm in diameter.
INTRODUCTION

 STAPHYLOCOCCUS
                   • Catalase +, oxidase -,
                   nonmotile, nonsporing,
                   noncapsulated.
                   • Solid media: Grape-like
                   clustering.
                   • Liquid media: Short
                   chains.
                   • Smears taken from pus:
                   Singly, pairs, clusters,
                   short chains of 3 or 4 cells.
INTRODUCTION

 STAPHYLOCOCCUS AUREUS

 • Is the most virulent of all the S.
 • Coagulase-positive.
 • Found mainly on the skin and
 mocous membranes of animals.
 • Normal microbial flora.
 • Produce toxins and virulent
 enzymes.
                                        Cause: Foliculitis, osteomielitis,
                                        necrotizing pneumonia, endocar-
                                        ditis, meningitis and others.
INTRODUCTION

 METHICILLIN

 • Narrow-spectrum β - lactam
   antibiotic used against                  A   B
   Gram-positive bacteria.
 • Inhibits the synthesis of
   bacterial cell walls.
 • Semisynthetic derivate of
   penicillin.
                                    A: β-Lactam Ring
 • Penicillinase resistance.       B: Thiazolidine Ring
 • It is no longer manufactured.
INTRODUCTION

               METHICILLIN-RESISTANT
              STAPHYLOCOCCUS AUREUS

• Methicillin-resistant bacteria appeared at 1960’s in UK.
• Nowadays is a worldwide pandemic.

 MECHANISM OF RESISTANCE IN MRSA:

 mecA gene             Encodes PBP2a      Low affinity for β -
      lactams             RESISTANCE TO METHICILLIN
INTRODUCTION
 METHICILLIN-RESISTANT STAPHYLOCOCCUS
      AUREUS ST30-SCCmec IVc CLONE.

Staphylococcus: Genus.
Aureus: Species.
Methicillin-resistant: Strain.
ST30: Sequence type number 30.
SCC: Staphylococcal Cassette Chromosome.
mec: Gene mecA.
IV: Type of SCCmec.
c: Subtype of IV SCCmec.
Clone: Identical copy of a gene
GENERAL OBJECTIVE


  To describe the clinical and molecular
epidemiology of current invasive infections
  caused by CA-MRSA in adolescent and
        adult patients in Argentina.
MATERIALES & MÉTODOS

 DISEÑO DEL ESTUDIO:

 • Estudio de tipo prospectivo, multicéntrico,
   observacional.
 • Diseñado para evaluar las características
   clínicas y moleculares de las infecciones
   invasivas por CA-MRSA.
 • Argentina, marzo de 2010 - diciembre de
   2011.
 • 11 hospitales participantes, situados en
   la región central del país.
MATERIALES & MÉTODOS

 SELECCIÓN DE PACIENTES:

 CRITERIOS DE INCLUSIÓN
   Pacientes ≥ 14 años con infección masiva de MRSA
   diagnosticada al ser admitido en el hospital o en 48 horas.

              CRITERIOS DE EXCLUSIÓN
             Si cumplían con alguno de los siguientes ítems
             en los últimos 12 meses:
                 Hospitalización.
                 Diálisis.
                 Residencia en centro de atención durante
                   mucho tiempo.
MATERIALES & MÉTODOS

 RECOLECCIÓN DE DATOS:                        Historias clínicas

 •   Variables socio-económicas.
 •   Comorbilidades.
 •   Uso de antibiótico previo.
 •   Presentación clínica.
 •   Resultados principales de laboratorio al inicio del estudio.
 •   La fuente de aislamiento (Ej: sangre, líquido articular, pleura).

 Los datos de seguimiento se pretendieron obtener 90 días
             después de finalizar el tratamiento.
MATERIALES & MÉTODOS

 ESTUDIOS MICROBIOLÓGICOS:                           MÉTODO
                                                    KIRBY-BAUER
 • Identificación de S. aureus = procedimientos
   de diagnóstico convencionales.
 • Almacenamiento a -20°C.
 • Llevados a un laboratorio de la U. de Buenos
   Aires.
 • Pruebas de sensibilidad a los antimicrobianos
   = Métodos de difusión de acuerdo con las
   directrices del Instituto de Normas Clínicas y
   de Laboratorio. (CLSI, 2009).                        Agar
                                                    Müller-Hinton
MATERIALES & MÉTODOS
                                         Inóculo suspendido VS.
 McFarland:                               Ácido sulfúrico 1% +
                                         cloruro de bario 1,175%
1. 4-5 colonias de 16-24 h de   cto en
  una placa de agar.
2. Se suspenden en caldo        en o
  suero fisiológico al 0,85%.
3. Se compara la turbidez       de la
  suspensión con el estándar    0,5 de
  McFarland.

Usado en la preparación del inóculo
 para la prueba de sensibilidad a
 antimicro- bianos o antibiogramas.
MATERIALES & MÉTODOS

 AMPLIFICACIÓN POR PCR:

  De una región de ADN que
   corresponden a un gen o parte de él.

  Las porciones molde de ADN
   son      flanqueadas       por      dos
   oligonucleótidos    que     inician  la
   reacción de polimerización.

  Con la DNA polimerasa, Mg como
   cofactor, un buffer y dNTP.
MATERIALES & MÉTODOS

 MÉTODOS DE TIPIFICACIÓN:

   Electroforesis en gel de
    campo pulsado (PFGE).

   Endonucleasas de restricción
    de ADN infrecuentes. (SmaI)

   Fragmentos de gran tamaño.
    (>20kb).

   Pulsos alternos de corriente
    multidireccional.
RESULTADOS



      Características
       clínicas
RESULTADOS



      Características
       clínicas
RESULTADOS



      Características
       clínicas
RESULTADOS

 SUSCEPTIBILIDAD ANTIMICROBIANA:

   • Las pruebas de sensibilidad antibiótica
     revelaron resistencia a la oxacilina (100%),
     la eritromicina (9%), clindamicina (6%),
     gentamicina (11%), y quinolonas (4%)
RESULTADOS

 SUSCEPTIBILIDAD ANTIMICROBIANA:

 • Todos los aislamientos de MRSA fueron
   sensibles      a    vancomicina,      teicoplanina,
   linezolid, rifampicina, doxiciclina y trimetoprim /
   sulfametoxazol.

    Ninguna de las cepas fue multirresistente.
RESULTADOS

 Caracterización
 molecular de los
aislados de MRSA:

• MRSA fue aislado del
  70% de los pacientes
  y la clona ST30 fue
  predominante en el
  68%.
                         C1   C3
RESULTADOS
  Caracterización molecular de los aislados de MRSA:




 En los últimos 6 años la clona que predominó en Argentina fue: CAA clone: ST5-
SCCmec IV-spa t311. Fue reemplazada por la clona ST30- SCCmec IVc-spa t019.
DISCUSSION

  AUTHORS                         PHRASE                        YES   NO

                    “Spread of some epidemic clones into
                      other regions has produced some
  Amorim et al.     displacement of previously circulating
(2007); Gardella
   et al. (2005)
                       strains indicating that successful
                        lineages may have competitive
                                                                x
                     advantages which may be key in the
                           evolution of this pathogen”.

                     “Skin and skin structure infections were
                      the most common primary source for
 Klevens et al.
    (2007)
                   invasive CA-MRSA infection. This finding
                    is in agreement with both recent and old
                                                                x
                                     studies”.
DISCUSSION

  AUTHORS                         PHRASE                        YES   NO

                    “Antimicrobial resistance patterns have
                     been used to distinguish between CA-
Ma et al. (2002);   MRSA and HA-MRSA strains, with CA-
 Naimi et al.
    (2003)
                         MRSA strains showing greater
                      susceptibility to several antimicrobial
                           agents (usually gentamicin,
                                                                      x
                        clindamycin, and trimethoprim-
                      sulfamethoxazole) than HA-MRSA”.


                     “Suggest the use of monotherapy with
  Deresinski
    (2009)
                       vancomycin to treat serious MRSA
                    infections there are concerns regarding
                      a diminished efficacy of this agent”.
                                                                      x
PERSONAL CONCLUSIONS

 The main factor which has allowed to the massive
  proliferation of this bacterial strain is the antibiotics
  indiscriminate use. This explains the resistance to
  oxacillin, erythromycin, clindamycin, gentamicin and
  quinolones, presented by this bacterial strain.

 Knowing the clinical and molecular features of bacterial
  infections is very important to the development of a
  health plan and an appropriate treatment, because
  these microorganisms are constantly mutating and
  becoming resistant to different antibiotics.
PERSONAL CONCLUSIONS

 The knowledge of the genetic variability involved in the
  virulence and antibiotic resistance determined by PCR
  and PFGE methods can provide molecular targets for
  antibiotic treatment.

 By means of this research it was possible to verify that
  the new clones of CA-MRSA have a better capacity to
  expand, because they possess more virulence factors
  and are better able to survive on the skin of human
  beings, which gives them an advantage over existing
  clones.
REFERENCES
 Fernandez S, de Vedia L, Lopez Furst MJ, Gardella N, Di Gregorio S,
  Ganaha MC. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST30-SCCmec
  IVc clone as the major cause of community-acquired invasive infections in
  Argentina. Infect Genet Evol. 2013:14C:401-405.
 Rogers K. Methicillin. Encyclopædia Britannica, Inc. 2013.
 Chen L, Chopra T, Kaye K. Pathogens Resistant to Antibacterial Agents.
  Med Clin N Am 95, 2011:647-676.
 Chandra S. Textbook of Microbiology and Inmunology. Elsevier. 2009:181 –
  182.
 Forbes, Sahm, Weissfeld. Bailey and Scott’s Diagnostic Microbiology.
  Editorial Medica Panamericana. 12th edition. 2007:255p.
 Jiménez J, Correa M. Staphylococcus aureus resistente a meticilina: bases
 moleculares de la resistencia, epidemiología y tipificación. Iatreia. 2009:22
  (2):147-158.
 Dufour, Philippe. Jarraud, Sophie. Et al. High Genetic Variability of the agr
  Locus inStaphylococcus Species. J Bacteriol. 2002 Feb;184(4):1180-6.
CONCEPT MAPS

 Cmaptools Grecco




                      Diana Grecco Herrera
CONCEPT MAPS




Daniel Gallego González

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  • 1. By Diana Grecco Herrera & Daniel Gallego González Pontificial Bolivarian University Faculty of Medicine Molecular Biology III Semester 2013 - I Methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST30-SCCmec IVc clone as the major cause of community-acquired invasive infections in Argentina
  • 2. ORIGINAL ARTICLE Authors: • S. Fernandez; • L. de Vedia; • M. Lopez; • N. Gardella; • S. Di Gregorio; • M. Ganaha; et al.
  • 3. ORIGINAL ARTICLE  Short communication.  Article history: • Received 5 October 2012. • Received in revised form 18th December 2012. • Accepted 19th December 2012. • Available online January 20th. • Published by Elsevier.
  • 4. INTRODUCTION  STAPHYLOCOCCUS • Genus of Gram-positive bacteria. • 32 species most of wich are animal pathogens or commensals. • Aerobic and facultative anaerobic. • 1μm in diameter.
  • 5. INTRODUCTION  STAPHYLOCOCCUS • Catalase +, oxidase -, nonmotile, nonsporing, noncapsulated. • Solid media: Grape-like clustering. • Liquid media: Short chains. • Smears taken from pus: Singly, pairs, clusters, short chains of 3 or 4 cells.
  • 6. INTRODUCTION  STAPHYLOCOCCUS AUREUS • Is the most virulent of all the S. • Coagulase-positive. • Found mainly on the skin and mocous membranes of animals. • Normal microbial flora. • Produce toxins and virulent enzymes. Cause: Foliculitis, osteomielitis, necrotizing pneumonia, endocar- ditis, meningitis and others.
  • 7. INTRODUCTION  METHICILLIN • Narrow-spectrum β - lactam antibiotic used against A B Gram-positive bacteria. • Inhibits the synthesis of bacterial cell walls. • Semisynthetic derivate of penicillin. A: β-Lactam Ring • Penicillinase resistance. B: Thiazolidine Ring • It is no longer manufactured.
  • 8. INTRODUCTION  METHICILLIN-RESISTANT STAPHYLOCOCCUS AUREUS • Methicillin-resistant bacteria appeared at 1960’s in UK. • Nowadays is a worldwide pandemic.  MECHANISM OF RESISTANCE IN MRSA: mecA gene Encodes PBP2a Low affinity for β - lactams RESISTANCE TO METHICILLIN
  • 9. INTRODUCTION  METHICILLIN-RESISTANT STAPHYLOCOCCUS AUREUS ST30-SCCmec IVc CLONE. Staphylococcus: Genus. Aureus: Species. Methicillin-resistant: Strain. ST30: Sequence type number 30. SCC: Staphylococcal Cassette Chromosome. mec: Gene mecA. IV: Type of SCCmec. c: Subtype of IV SCCmec. Clone: Identical copy of a gene
  • 10. GENERAL OBJECTIVE  To describe the clinical and molecular epidemiology of current invasive infections caused by CA-MRSA in adolescent and adult patients in Argentina.
  • 11. MATERIALES & MÉTODOS  DISEÑO DEL ESTUDIO: • Estudio de tipo prospectivo, multicéntrico, observacional. • Diseñado para evaluar las características clínicas y moleculares de las infecciones invasivas por CA-MRSA. • Argentina, marzo de 2010 - diciembre de 2011. • 11 hospitales participantes, situados en la región central del país.
  • 12. MATERIALES & MÉTODOS  SELECCIÓN DE PACIENTES: CRITERIOS DE INCLUSIÓN Pacientes ≥ 14 años con infección masiva de MRSA diagnosticada al ser admitido en el hospital o en 48 horas.  CRITERIOS DE EXCLUSIÓN Si cumplían con alguno de los siguientes ítems en los últimos 12 meses:  Hospitalización.  Diálisis.  Residencia en centro de atención durante mucho tiempo.
  • 13. MATERIALES & MÉTODOS  RECOLECCIÓN DE DATOS: Historias clínicas • Variables socio-económicas. • Comorbilidades. • Uso de antibiótico previo. • Presentación clínica. • Resultados principales de laboratorio al inicio del estudio. • La fuente de aislamiento (Ej: sangre, líquido articular, pleura).  Los datos de seguimiento se pretendieron obtener 90 días después de finalizar el tratamiento.
  • 14. MATERIALES & MÉTODOS  ESTUDIOS MICROBIOLÓGICOS: MÉTODO KIRBY-BAUER • Identificación de S. aureus = procedimientos de diagnóstico convencionales. • Almacenamiento a -20°C. • Llevados a un laboratorio de la U. de Buenos Aires. • Pruebas de sensibilidad a los antimicrobianos = Métodos de difusión de acuerdo con las directrices del Instituto de Normas Clínicas y de Laboratorio. (CLSI, 2009). Agar Müller-Hinton
  • 15. MATERIALES & MÉTODOS Inóculo suspendido VS.  McFarland: Ácido sulfúrico 1% + cloruro de bario 1,175% 1. 4-5 colonias de 16-24 h de cto en una placa de agar. 2. Se suspenden en caldo en o suero fisiológico al 0,85%. 3. Se compara la turbidez de la suspensión con el estándar 0,5 de McFarland. Usado en la preparación del inóculo para la prueba de sensibilidad a antimicro- bianos o antibiogramas.
  • 16. MATERIALES & MÉTODOS  AMPLIFICACIÓN POR PCR:  De una región de ADN que corresponden a un gen o parte de él.  Las porciones molde de ADN son flanqueadas por dos oligonucleótidos que inician la reacción de polimerización.  Con la DNA polimerasa, Mg como cofactor, un buffer y dNTP.
  • 17. MATERIALES & MÉTODOS  MÉTODOS DE TIPIFICACIÓN:  Electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE).  Endonucleasas de restricción de ADN infrecuentes. (SmaI)  Fragmentos de gran tamaño. (>20kb).  Pulsos alternos de corriente multidireccional.
  • 18. RESULTADOS Características clínicas
  • 19. RESULTADOS Características clínicas
  • 20. RESULTADOS Características clínicas
  • 21. RESULTADOS  SUSCEPTIBILIDAD ANTIMICROBIANA: • Las pruebas de sensibilidad antibiótica revelaron resistencia a la oxacilina (100%), la eritromicina (9%), clindamicina (6%), gentamicina (11%), y quinolonas (4%)
  • 22. RESULTADOS  SUSCEPTIBILIDAD ANTIMICROBIANA: • Todos los aislamientos de MRSA fueron sensibles a vancomicina, teicoplanina, linezolid, rifampicina, doxiciclina y trimetoprim / sulfametoxazol.  Ninguna de las cepas fue multirresistente.
  • 23. RESULTADOS  Caracterización molecular de los aislados de MRSA: • MRSA fue aislado del 70% de los pacientes y la clona ST30 fue predominante en el 68%. C1 C3
  • 24. RESULTADOS  Caracterización molecular de los aislados de MRSA: En los últimos 6 años la clona que predominó en Argentina fue: CAA clone: ST5- SCCmec IV-spa t311. Fue reemplazada por la clona ST30- SCCmec IVc-spa t019.
  • 25. DISCUSSION AUTHORS PHRASE YES NO “Spread of some epidemic clones into other regions has produced some Amorim et al. displacement of previously circulating (2007); Gardella et al. (2005) strains indicating that successful lineages may have competitive x advantages which may be key in the evolution of this pathogen”. “Skin and skin structure infections were the most common primary source for Klevens et al. (2007) invasive CA-MRSA infection. This finding is in agreement with both recent and old x studies”.
  • 26. DISCUSSION AUTHORS PHRASE YES NO “Antimicrobial resistance patterns have been used to distinguish between CA- Ma et al. (2002); MRSA and HA-MRSA strains, with CA- Naimi et al. (2003) MRSA strains showing greater susceptibility to several antimicrobial agents (usually gentamicin, x clindamycin, and trimethoprim- sulfamethoxazole) than HA-MRSA”. “Suggest the use of monotherapy with Deresinski (2009) vancomycin to treat serious MRSA infections there are concerns regarding a diminished efficacy of this agent”. x
  • 27. PERSONAL CONCLUSIONS  The main factor which has allowed to the massive proliferation of this bacterial strain is the antibiotics indiscriminate use. This explains the resistance to oxacillin, erythromycin, clindamycin, gentamicin and quinolones, presented by this bacterial strain.  Knowing the clinical and molecular features of bacterial infections is very important to the development of a health plan and an appropriate treatment, because these microorganisms are constantly mutating and becoming resistant to different antibiotics.
  • 28. PERSONAL CONCLUSIONS  The knowledge of the genetic variability involved in the virulence and antibiotic resistance determined by PCR and PFGE methods can provide molecular targets for antibiotic treatment.  By means of this research it was possible to verify that the new clones of CA-MRSA have a better capacity to expand, because they possess more virulence factors and are better able to survive on the skin of human beings, which gives them an advantage over existing clones.
  • 29. REFERENCES  Fernandez S, de Vedia L, Lopez Furst MJ, Gardella N, Di Gregorio S, Ganaha MC. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST30-SCCmec IVc clone as the major cause of community-acquired invasive infections in Argentina. Infect Genet Evol. 2013:14C:401-405.  Rogers K. Methicillin. Encyclopædia Britannica, Inc. 2013.  Chen L, Chopra T, Kaye K. Pathogens Resistant to Antibacterial Agents. Med Clin N Am 95, 2011:647-676.  Chandra S. Textbook of Microbiology and Inmunology. Elsevier. 2009:181 – 182.  Forbes, Sahm, Weissfeld. Bailey and Scott’s Diagnostic Microbiology. Editorial Medica Panamericana. 12th edition. 2007:255p.  Jiménez J, Correa M. Staphylococcus aureus resistente a meticilina: bases  moleculares de la resistencia, epidemiología y tipificación. Iatreia. 2009:22 (2):147-158.  Dufour, Philippe. Jarraud, Sophie. Et al. High Genetic Variability of the agr Locus inStaphylococcus Species. J Bacteriol. 2002 Feb;184(4):1180-6.
  • 30. CONCEPT MAPS  Cmaptools Grecco Diana Grecco Herrera