Chlamydia trachomatis causa tracoma y linfogranuloma venéreo. Se replica dentro de las células epiteliales y evita la fusión con lisosomas. El tracoma puede causar conjuntivitis, ulceración corneal, cicatrización y ceguera. El linfogranuloma venéreo causa úlceras y tumefacción de ganglios linfáticos. Chlamydophila pneumoniae y Chlamydophila psittaci causan infecciones respiratorias como neumonía atípica.