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FACULTAD DE MEDICINA Y ENFERMERÍA
CARRERA DE MEDICINA
BIOQUÍMICA I

Enzimas

Profesor:
Dra. Estela Pérez
Velocidad de una reacción

Velocidad de una reacción es distinto que equilibrio de una reacción

S

P

¿Qué determina la velocidad de una reacción?
1. Los choques efectivos de los sustratos
2. Que se alcance al estado de transición (Ea)
Enzimas
•

Enzimas = Biomoléculas que catalizan una reacción química

• Algunas requieren un grupo químico adicional
COFACTOR
COENZIMA

• Holoenzima: enzima unida a su cofactor o
coenzima.
• Apoenzima o apoproteína: sólo la parte
proteica.
Clasificación de las enzimas según acción

➢Subclases
1: Oxidoreductasas
• Deshidrogenasas
• Oxigenasas
2: Transferasas
• quinasas
• aminotransferasas
(transaminasas)
• acetil-transferasas
¿Cuál es la función las enzimas?

Sitio activo: bolsillo de la enzima que une al
sustrato

Las enzimas aumentan la velocidad de la
reacción, no el equilibrio

E+S

ES

EP

E+P
¿Cómo trabajan las enzimas?
• La reacción catalizada por la enzima ocurre en el SITIO ACTIVO
• La molécula que se une al sitio activo se denomina SUSTRATO
• Las enzimas aumentan la velocidad de la reacción
• NO AFECTAN EL EQUILIBRIO DE LA REACCIÓN

E+S

ES

EP

E+P
¿Cómo funcionan las enzimas?

SITIO ACTIVO
- Región catalítica especializada
- Microentorno único
• Agua excluída (salvo reactiva)
• pKa especiales
- Multiplicidad de enlaces débiles
• Energía de unión alta (15-50 kJ·mol-1)
• Kd baja (10-2-10-9 M)
- Especificidad=complementariedad
• Forma 3D complementaria E-S
• Enlace direccionales
• Llave en cerradura / Ajuste inducido

S
E + S

P
ES

E + P
Curvas de progreso de la reacción
Velocidad y orden de reacción
Diagrama de una reacción química

S

P

ENERGÍA DE
ACTIVACIÓN
Diagrama de una reacción química catalizada
E+S

ES

E+P
¿Por qué las enzimas catalizan reacciones bioquímicas?

1. Enlaces covalentes: Vía de reacción alternativa con menor Ea
2. Uniones débiles: Fuente de energía para alcanzar la Ea y
estabilización del estado de transición
Determinan especificidad y catálisis
Mecanismos generales de catálisis.
Estabilización del estado de transición
• Desolvatación del sustrato (sustituye por unión ES)
• Distorsión del sustrato (“tensión” similar a TS)
• Alineamiento de grupos catalíticos
• Reducción de entropía de reactivos
Perfiles de energía en una reacción química catalizada
¿Por qué las enzimas son buenos catalizadores?

1. Disminuyen la entropía de los sustratos, por lo que aumentan las colisiones
efectivas
2. Las enzimas reemplazan todos (o casi todos) los puentes de H que el sustrato
forma con el agua, por lo que provee de energía para alcanzar más fácilmente
la Ea
3. Cambios conformacionales que sufre la enzima puede aumentar el número de
interacciones débiles con el(los) sustrato(s) (encaje inducido)
Mecanismos generales de catálisis.

Estabilización del estado de transición
• Desolvatación del sustrato (sustituye por unión ES)
• Distorsión del sustrato (“tensión” similar a TS)
• Alineamiento de grupos catalíticos
• Reducción de entropía de reactivos
Tipos de catálisis enzimática

1. Catálisis ácido – base
2. Catálisis covalente
3. Catálisis de unión a iones metálicos
1. Catálisis ácido – base
Los sitios activos de las enzimas contienen cadenas laterales de aminoácidos que actúan
como aceptores o donores de protones (ácidos y bases).
En estas reacciones ocurre transferencia de protones.
1. Catálisis combinadas: ácido – base y covalente
2. Catálisis covalente
Implica la formación de un enlace covalente transitorio entre la enzima y el sustrato. Por
ejemplo, si se considerara la hidrólisis de un enlace entre los grupos A y B:

Si estamos en presencia de un catalizador covalente, la reacción será:

Esto altera la ruta de la reacción y sólo produce catálisis si la nueva ruta tiene una
energía de activación inferior que la ruta no catalizada. Los dos nuevos pasos han de ser
más rápidos que la reacción no catalizada.
Los complejos covalentes siempre experimentan una reacción adicional para regenerar
la enzima libre.
Ej.
3. Catálisis de unión a iones metálicos
Los metales, tanto si están fuertemente unidos a la enzima como si son captados de la
solución junto con el sustrato, pueden participar de diferentes maneras en la catálisis.
Los metales:
a) Funcionan como ácidos de Lewis.
b) Tienen la capacidad de unir moléculas de agua, aún a pH ácidos.

(

)

M n + + H 2O ⇔ M n + OH − + H +
Ej. Anhidrasa carbónica
E-Zn2+—OH- + CO2

E-Zn2+ + HCO3-

Hidroxilo unido al metal agente nucleofílico

c) Protegen las cargas negativas de sustratos.
Cinética enzimática: Efecto de la concentración de S
VR

E+S

E+P
V -R

V1

E+S

V2

ES
V -1

E+P
V -2

V2 << V1 por lo que VR (de la reacción global) depende de V2
Si VR depende de V2, entonces depende de la [ES]
• Si hay poco S, hay poco ES por lo que la reacción será más lenta
• Si hay mucho S, hay mucho ES por lo que la reacción será más rápida
• Si hay exceso de S, toda la E disponible está como ES, por lo que se
alcanza la velocidad máxima de reacción
http://www.biorom.uma.es/contenido/UPV_EHU/enzimas/enz1.htm#p
Ecuación de Michaelis - Menten
Ecuación de Michaelis - Menten
Ecuación de Michaelis - Menten
Ecuación de Michaelis – Menten. Significado de Km
• Km es una constante que se deriva
a partir de constantes de
velocidad:
(k-1 + k2)/k1
• Es una estimación de la constante
de disociación del complejo ES
para dar E + S, a partir de (k-1/k1).
• Una Km pequeña significa ES en
unión fuerte.
• Una Km alta significa ES en unión
débil
Ecuación de Michaelis – Menten. Significado de Vmáx

• es una constante.
• Es la velocidad máxima teórica de la
reacción – pero, en realidad, nunca se
alcanza.
• Para alcanzar la velocidad máxima se
requiere que [S] >> [E] y que todas las
moléculas de enzima estén unidas al
sustrato.
• Vmax se alcanza asintóticamente a
medida que la concentración de
sustrato aumenta
Ecuación de Michaelis – Menten: Parámetros

VMAX = Velocidad máxima de
la reacción.

Km = constante de Michaelis

Concentración de sustrato
a la cual la velocidad de la
reacción es ½ de Vmax.
Ecuación de Michaelis – Menten: Parámetros
La Vmáx se alcanza cuando todos los sitios activos están saturados con
sustrato.
Ecuación de Michaelis – Menten: Factores a considerar.
Para utilizar la ecuación de Michaelis-Menten debe asumirse que:
-

Las concentraciones relativas de E y S: La concentración de
sustrato ([S]) es mucho mayor que la concentración de enzima ([E]),
de manera que la proporción de sustrato fijo a la enzima es siempre
relativamente pequeña.

-

La reacción esta en equilibrio: [ES] no cambia durante el tiempo
(la reacción se asume en equilibrio de flujos).

-

Velocidad Inicial: Deben usarse velocidades iniciales (Vo). Esto
significa que la velocidad de la reacción debe determinarse tan
pronto como el sustrato y la enzima son mezclados. En dicho
tiempo, la concentración de productos es despreciable y, por lo
tanto, la reacción inversa de productos a sustratos puede ser
ignorada.
Los dobles recíprocos: Ecuación de Lineweaver-Burk

y=mx+n
y equivale a 1/V0
m equivale a Km/Vmax
x equivale a 1/[S]
n equivale a 1/Vmax
Parámetros enzimáticos.
Otras transformaciones gráficas de la ecuación de Michaelis-Menten

Gráfico de Eadie-Hofstee
Los valores obtenidos son mas precisos,
porque no incluye el error intrínseco en el
uso de valores recíprocos
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Km varía entre enzimas, incluso entre sustratos de una enzima

http://www.biorom.uma.es/contenido/tests/bioq_uh/enz1.htm
Constante catalítica

k1

E+S

E+S

k1
k-1

k2

ES

k-1

ES

k2
k-2

E+P

EP

k3

kcat = Vmax / [ET]

Vmax = k2·[ET]
k2 = Vmax/[ET]

Vmax = k3·[ET]
k3 = Vmax/[ET]

E+P
Número de recambio

kcat = Vmax / [ET]

NÚMERO DE RECAMBIO
Número de moléculas de sustrato convertidas en
producto en una unidad de tiempo, por una molécula
de enzima cuando la enzima está saturada de
sustrato.
Números de recambio kcat de algunas enzimas
Eficiencia catalítica
La velocidad de un sustrato está controlada por el límite dado por Difusión, está en
el rango de 108 a 109 M-1s-1.

kcat/Km es una medida de la eficiencia catalítica
Enzimas alostéricas.

Hay enzimas que no obedecen la ecuación de Michaelis-Menten.
• Se dice que su cinética no es Michaeliana.
• Esto ocurre con las llamadas enzimas alostéricas, cuya gráfica v contra [S] no
es una hipérbola, sino una sigmoide (en forma de s).
• En la cinética sigmoidea, pequeñas variaciones en la [S] en una zona crítica
(cercana a la Km) se traduce en grandes variaciones en la velocidad de
reacción.
Enzimas alostéricas.

http://www.biologia.arizona.edu/biochemistry/problem_sets/energy_enzymes_catalysis/03t.html
Efecto del pH.
• Las enzimas, al ser proteínas, poseen propiedades que son muy sensibles al
pH. De hecho, la mayoría de las proteínas sólo son activas en un estrecho
intervalo de pH, típicamente entre 5 y 9.
• Esto es el resultado de los efectos del pH sobre una combinación de factores:
•

la fijación del sustrato a la enzima, frecuentemente utilizando enlaces
electrostáticos que dependen de la ionización de los participantes.

• la actividad catalítica de la enzima, dependiente del estado de ionización
de los aminoácidos importantes localizados en el sitio activo de la
enzima, así como de su estructura terciaría y cuaternaria.
• la ionización del sustrato y
• la variación de la estructura proteica misma (normalmente, sólo
significativa a pH extremos).
Efecto del pH.
El pH óptimo es aquel al cual la enzima manifiesta su mayor actividad y
frecuentemente refleja el pH al cual la enzima funciona dentro del
organismo.
El pH de mayor actividad varía para diferentes enzimas.
Efecto de la temperatura.
Efecto de la temperatura sobre las enzimas
Puesto que la estructura proteica es la que determina la actividad
enzimática, cualquier causa que perturbe esta estructura puede llevar a una
pérdida de actividad.
Aunque el rango general de temperaturas adecuadas para las reacciones
enzimáticas es muy estrecho, los cambios ligeros suelen tener una considerable
influencia.
Al aumentar la temperatura, la velocidad de reacción aumenta y, para
casi todas las enzimas, un incremento de 10°C duplica e incluso triplica la
velocidad de reacción.
Por otro lado, ese mismo aumento de temperatura acelera también la
inactivación de la enzima por desnaturalización térmica. Para muchas enzimas la
región de inactivación térmica está muy próxima de la temperatura óptima.
La velocidad de inactivación térmica depende también del pH, fuerza
iónica y del estado físico de la enzima
Efecto de la temperatura.
Inhibición enzimática

IRREVERSIBLES

REVERSIBLES

COMPETITIVA
ACOMPETITIVA
MIXTA o NO COMPETITIVA
Inhibición enzimática: Inhibición competitiva
Inhibición enzimática: Inhibición competitiva

−

1
Km

Km

aumenta
aumenta

[I]
α = 1+
kI
Inhibición enzimática: Inhibición acompetitiva
Inhibición enzimática: Inhibición acompetitiva

[I ]
α ' = 1+
k 'I
1
Vmax
Vmax
−

1
Km

Km

disminuye
disminuye

aumenta
disminuye
Inhibición enzimática: Inhibición mixta o no competitiva
Inhibición enzimática: Inhibición mixta

α = α´

NO COMPETITIVA

• AFECTA VMAX
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Mecanismos de regulación enzimática
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Clase 17 enzimas

  • 1. FACULTAD DE MEDICINA Y ENFERMERÍA CARRERA DE MEDICINA BIOQUÍMICA I Enzimas Profesor: Dra. Estela Pérez
  • 2. Velocidad de una reacción Velocidad de una reacción es distinto que equilibrio de una reacción S P ¿Qué determina la velocidad de una reacción? 1. Los choques efectivos de los sustratos 2. Que se alcance al estado de transición (Ea)
  • 3. Enzimas • Enzimas = Biomoléculas que catalizan una reacción química • Algunas requieren un grupo químico adicional COFACTOR COENZIMA • Holoenzima: enzima unida a su cofactor o coenzima. • Apoenzima o apoproteína: sólo la parte proteica.
  • 4. Clasificación de las enzimas según acción ➢Subclases 1: Oxidoreductasas • Deshidrogenasas • Oxigenasas 2: Transferasas • quinasas • aminotransferasas (transaminasas) • acetil-transferasas
  • 5. ¿Cuál es la función las enzimas? Sitio activo: bolsillo de la enzima que une al sustrato Las enzimas aumentan la velocidad de la reacción, no el equilibrio E+S ES EP E+P
  • 6. ¿Cómo trabajan las enzimas? • La reacción catalizada por la enzima ocurre en el SITIO ACTIVO • La molécula que se une al sitio activo se denomina SUSTRATO • Las enzimas aumentan la velocidad de la reacción • NO AFECTAN EL EQUILIBRIO DE LA REACCIÓN E+S ES EP E+P
  • 7. ¿Cómo funcionan las enzimas? SITIO ACTIVO - Región catalítica especializada - Microentorno único • Agua excluída (salvo reactiva) • pKa especiales - Multiplicidad de enlaces débiles • Energía de unión alta (15-50 kJ·mol-1) • Kd baja (10-2-10-9 M) - Especificidad=complementariedad • Forma 3D complementaria E-S • Enlace direccionales • Llave en cerradura / Ajuste inducido S E + S P ES E + P
  • 8. Curvas de progreso de la reacción
  • 9. Velocidad y orden de reacción
  • 10. Diagrama de una reacción química S P ENERGÍA DE ACTIVACIÓN
  • 11. Diagrama de una reacción química catalizada E+S ES E+P
  • 12. ¿Por qué las enzimas catalizan reacciones bioquímicas? 1. Enlaces covalentes: Vía de reacción alternativa con menor Ea 2. Uniones débiles: Fuente de energía para alcanzar la Ea y estabilización del estado de transición Determinan especificidad y catálisis
  • 13. Mecanismos generales de catálisis. Estabilización del estado de transición • Desolvatación del sustrato (sustituye por unión ES) • Distorsión del sustrato (“tensión” similar a TS) • Alineamiento de grupos catalíticos • Reducción de entropía de reactivos
  • 14. Perfiles de energía en una reacción química catalizada
  • 15.
  • 16.
  • 17. ¿Por qué las enzimas son buenos catalizadores? 1. Disminuyen la entropía de los sustratos, por lo que aumentan las colisiones efectivas 2. Las enzimas reemplazan todos (o casi todos) los puentes de H que el sustrato forma con el agua, por lo que provee de energía para alcanzar más fácilmente la Ea 3. Cambios conformacionales que sufre la enzima puede aumentar el número de interacciones débiles con el(los) sustrato(s) (encaje inducido)
  • 18. Mecanismos generales de catálisis. Estabilización del estado de transición • Desolvatación del sustrato (sustituye por unión ES) • Distorsión del sustrato (“tensión” similar a TS) • Alineamiento de grupos catalíticos • Reducción de entropía de reactivos
  • 19. Tipos de catálisis enzimática 1. Catálisis ácido – base 2. Catálisis covalente 3. Catálisis de unión a iones metálicos
  • 20. 1. Catálisis ácido – base Los sitios activos de las enzimas contienen cadenas laterales de aminoácidos que actúan como aceptores o donores de protones (ácidos y bases). En estas reacciones ocurre transferencia de protones.
  • 21. 1. Catálisis combinadas: ácido – base y covalente
  • 22. 2. Catálisis covalente Implica la formación de un enlace covalente transitorio entre la enzima y el sustrato. Por ejemplo, si se considerara la hidrólisis de un enlace entre los grupos A y B: Si estamos en presencia de un catalizador covalente, la reacción será: Esto altera la ruta de la reacción y sólo produce catálisis si la nueva ruta tiene una energía de activación inferior que la ruta no catalizada. Los dos nuevos pasos han de ser más rápidos que la reacción no catalizada. Los complejos covalentes siempre experimentan una reacción adicional para regenerar la enzima libre. Ej.
  • 23. 3. Catálisis de unión a iones metálicos Los metales, tanto si están fuertemente unidos a la enzima como si son captados de la solución junto con el sustrato, pueden participar de diferentes maneras en la catálisis. Los metales: a) Funcionan como ácidos de Lewis. b) Tienen la capacidad de unir moléculas de agua, aún a pH ácidos. ( ) M n + + H 2O ⇔ M n + OH − + H + Ej. Anhidrasa carbónica E-Zn2+—OH- + CO2 E-Zn2+ + HCO3- Hidroxilo unido al metal agente nucleofílico c) Protegen las cargas negativas de sustratos.
  • 24. Cinética enzimática: Efecto de la concentración de S VR E+S E+P V -R V1 E+S V2 ES V -1 E+P V -2 V2 << V1 por lo que VR (de la reacción global) depende de V2 Si VR depende de V2, entonces depende de la [ES] • Si hay poco S, hay poco ES por lo que la reacción será más lenta • Si hay mucho S, hay mucho ES por lo que la reacción será más rápida • Si hay exceso de S, toda la E disponible está como ES, por lo que se alcanza la velocidad máxima de reacción http://www.biorom.uma.es/contenido/UPV_EHU/enzimas/enz1.htm#p
  • 28. Ecuación de Michaelis – Menten. Significado de Km • Km es una constante que se deriva a partir de constantes de velocidad: (k-1 + k2)/k1 • Es una estimación de la constante de disociación del complejo ES para dar E + S, a partir de (k-1/k1). • Una Km pequeña significa ES en unión fuerte. • Una Km alta significa ES en unión débil
  • 29. Ecuación de Michaelis – Menten. Significado de Vmáx • es una constante. • Es la velocidad máxima teórica de la reacción – pero, en realidad, nunca se alcanza. • Para alcanzar la velocidad máxima se requiere que [S] >> [E] y que todas las moléculas de enzima estén unidas al sustrato. • Vmax se alcanza asintóticamente a medida que la concentración de sustrato aumenta
  • 30. Ecuación de Michaelis – Menten: Parámetros VMAX = Velocidad máxima de la reacción. Km = constante de Michaelis Concentración de sustrato a la cual la velocidad de la reacción es ½ de Vmax.
  • 31. Ecuación de Michaelis – Menten: Parámetros La Vmáx se alcanza cuando todos los sitios activos están saturados con sustrato.
  • 32. Ecuación de Michaelis – Menten: Factores a considerar. Para utilizar la ecuación de Michaelis-Menten debe asumirse que: - Las concentraciones relativas de E y S: La concentración de sustrato ([S]) es mucho mayor que la concentración de enzima ([E]), de manera que la proporción de sustrato fijo a la enzima es siempre relativamente pequeña. - La reacción esta en equilibrio: [ES] no cambia durante el tiempo (la reacción se asume en equilibrio de flujos). - Velocidad Inicial: Deben usarse velocidades iniciales (Vo). Esto significa que la velocidad de la reacción debe determinarse tan pronto como el sustrato y la enzima son mezclados. En dicho tiempo, la concentración de productos es despreciable y, por lo tanto, la reacción inversa de productos a sustratos puede ser ignorada.
  • 33. Los dobles recíprocos: Ecuación de Lineweaver-Burk y=mx+n y equivale a 1/V0 m equivale a Km/Vmax x equivale a 1/[S] n equivale a 1/Vmax
  • 35. Otras transformaciones gráficas de la ecuación de Michaelis-Menten Gráfico de Eadie-Hofstee Los valores obtenidos son mas precisos, porque no incluye el error intrínseco en el uso de valores recíprocos
  • 36. Otras transformaciones gráficas de la ecuación de Michaelis-Menten Gráfico de Hanes-Woolf
  • 37. Otras transformaciones gráficas de la ecuación de Michaelis-Menten Gráfico de Eisenthal/Cornish-Bowden
  • 38. Km varía entre enzimas, incluso entre sustratos de una enzima http://www.biorom.uma.es/contenido/tests/bioq_uh/enz1.htm
  • 39. Constante catalítica k1 E+S E+S k1 k-1 k2 ES k-1 ES k2 k-2 E+P EP k3 kcat = Vmax / [ET] Vmax = k2·[ET] k2 = Vmax/[ET] Vmax = k3·[ET] k3 = Vmax/[ET] E+P
  • 40. Número de recambio kcat = Vmax / [ET] NÚMERO DE RECAMBIO Número de moléculas de sustrato convertidas en producto en una unidad de tiempo, por una molécula de enzima cuando la enzima está saturada de sustrato.
  • 41. Números de recambio kcat de algunas enzimas
  • 42. Eficiencia catalítica La velocidad de un sustrato está controlada por el límite dado por Difusión, está en el rango de 108 a 109 M-1s-1. kcat/Km es una medida de la eficiencia catalítica
  • 43. Enzimas alostéricas. Hay enzimas que no obedecen la ecuación de Michaelis-Menten. • Se dice que su cinética no es Michaeliana. • Esto ocurre con las llamadas enzimas alostéricas, cuya gráfica v contra [S] no es una hipérbola, sino una sigmoide (en forma de s). • En la cinética sigmoidea, pequeñas variaciones en la [S] en una zona crítica (cercana a la Km) se traduce en grandes variaciones en la velocidad de reacción.
  • 45. Efecto del pH. • Las enzimas, al ser proteínas, poseen propiedades que son muy sensibles al pH. De hecho, la mayoría de las proteínas sólo son activas en un estrecho intervalo de pH, típicamente entre 5 y 9. • Esto es el resultado de los efectos del pH sobre una combinación de factores: • la fijación del sustrato a la enzima, frecuentemente utilizando enlaces electrostáticos que dependen de la ionización de los participantes. • la actividad catalítica de la enzima, dependiente del estado de ionización de los aminoácidos importantes localizados en el sitio activo de la enzima, así como de su estructura terciaría y cuaternaria. • la ionización del sustrato y • la variación de la estructura proteica misma (normalmente, sólo significativa a pH extremos).
  • 46. Efecto del pH. El pH óptimo es aquel al cual la enzima manifiesta su mayor actividad y frecuentemente refleja el pH al cual la enzima funciona dentro del organismo. El pH de mayor actividad varía para diferentes enzimas.
  • 47. Efecto de la temperatura. Efecto de la temperatura sobre las enzimas Puesto que la estructura proteica es la que determina la actividad enzimática, cualquier causa que perturbe esta estructura puede llevar a una pérdida de actividad. Aunque el rango general de temperaturas adecuadas para las reacciones enzimáticas es muy estrecho, los cambios ligeros suelen tener una considerable influencia. Al aumentar la temperatura, la velocidad de reacción aumenta y, para casi todas las enzimas, un incremento de 10°C duplica e incluso triplica la velocidad de reacción. Por otro lado, ese mismo aumento de temperatura acelera también la inactivación de la enzima por desnaturalización térmica. Para muchas enzimas la región de inactivación térmica está muy próxima de la temperatura óptima. La velocidad de inactivación térmica depende también del pH, fuerza iónica y del estado físico de la enzima
  • 48. Efecto de la temperatura.
  • 51. Inhibición enzimática: Inhibición competitiva − 1 Km Km aumenta aumenta [I] α = 1+ kI
  • 53. Inhibición enzimática: Inhibición acompetitiva [I ] α ' = 1+ k 'I 1 Vmax Vmax − 1 Km Km disminuye disminuye aumenta disminuye
  • 54. Inhibición enzimática: Inhibición mixta o no competitiva
  • 55. Inhibición enzimática: Inhibición mixta α = α´ NO COMPETITIVA • AFECTA VMAX • NO AFECTA KM
  • 57. Efectos alostéricos de moduladores positivos y negativos