La estructura secundaria de las proteínas se refiere a la conformación espacial local de los átomos de la cadena principal sin incluir las cadenas laterales. Existen tres tipos principales de estructura secundaria: las hélices alfa formadas por el enrollamiento de la cadena en espiral, las conformaciones beta donde los enlaces peptídicos se disponen en zigzag, y los giros beta. Todas estas estructuras se estabilizan principalmente a través de puentes de hidrógeno.