Existe variación natural dentro de los ecotipos y variedades de quinua. Se ha evidenciado segregación en características como el color de planta y grano. La variación probablemente se debe a mecanismos hereditarios como la transposición y la paramutación, y puede ser considerada como una forma de generar variabilidad genética para asegurar la persistencia de la especie. La variación intravarietal plantea desafíos para la producción de semilla pura.