1. Genética de Poblaciones
Cátedra de Genética y Mejoramiento Animal
• Indices de Selección con más de una fuente de
información
• Efectos Ambientales
• Metodo BLUP
2. METODO QUE UTILIZA:
Varianza, Parentesco, Covariancia
entre parientes y Heredabilidad
INFORMACION
(fenotipos)
DEL ANIMAL
y/o SUS
PARIENTES
Indice de Selección (IS) VCE
VALOR DE
CRIA
ESTIMADO
P1 = G1 + E1 VCE1
P2 = G2 + E2 VCE2
P3 = G3 + E3 VCE3
PN = GN + EN VCEN
…
…
3. METODO
Índice de Selección (IS)
Función Lineal de las observaciones
nn2211 .Xb.Xb.XbIS +++= ...
Donde:
bi (i=1, …, n) son factores de ponderación de cada observación fenotipica
Xi (i=1, …, n) observaciones fenotipicas consideradas para el IS de un animal
candidato a ser seleccionado (α)
∑=
==
n
1i
ii.XbVCEIS
5. 321α
0.110.X0.110.X0.267.XIS ++=
De dónde se
obtienen los factores
de ponderación (bi) ?
Como el IS puede incorporar distintas
fuentes de información para un carácter o
caracteres, se deberán estimar varios
factores de ponderación, obtenidos por
resolución de ecuaciones.
6. Exactitud de la
estimación del VC
Exactitud de la
estimación del VC
es la correlación entre el Valor de Cría Estimado (VCE)correlación entre el Valor de Cría Estimado (VCE) obtenido
por medio del Índice de Selección (IS) y el Valor de Cría verdadero (Ga)y el Valor de Cría verdadero (Ga), que
es desconocido y no lo podemos observar.
i1αGaVCE .bar =
iiα
n
1i
GaVCE .bar ∑=
=
7. Modelo Genético
iii EGP ±=
Fenotipo = Genotipo + Ambiente
Analizaremos con más detalle el efecto del ambiente
todos los factores no genéticos que influyen
en la respuesta de la expresión de los genes de los
individuos
todos los factores no genéticos que influyen
en la respuesta de la expresión de los genes de los
individuos
9. ii XμP +=
iii Xμ)E(G +=+
iii Xμ-)E(G =+
P22= 8500 kg
si µ = 7500 kg
X22 = 1000 kg
supone que Xi está libre
de efectos ambientales
sistemáticos y que el
efecto del ambiente
afecta por igual a todos
los fenotipos de la
población
supone que Xi está libre
de efectos ambientales
sistemáticos y que el
efecto del ambiente
afecta por igual a todos
los fenotipos de la
población
11. Efectos ambientales: ganado lechero
Edad Época y año de parto
Días de seca
Días abierta
Días de lactancia
Manejo del tambo
Lactancia = Pi
Lactancia = Pi
Otros efectos
12. producción de leche según número de lactancia
El número de parto afecta la producción de leche. Las vacas de 3 a 5
partos producen más leche que vacas muy jóvenes o muy viejas
Fuente: Base de datos FCV-ACHA Febrero 2012
13. producción de leche según mes de parto
Los meses de parto de otoño-invierno tienen
lactancias de mayor producción de leche que los de
primavera-verano
Fuente: Base de datos FCV-ACHA Febrero 2012
14. producción de leche según año de parto
Fuente: Base de datos FCV-ACHA Febrero 2012
El clima y las condiciones del mercado determinan
condiciones distintas de producción cada año
5500
6000
6500
7000
7500
8000
8500
kgdeleche-305d
96 97 98 99 00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10
Año de parto
kg de leche
15. Ambiente
• No toda superioridad o inferioridad en la medición de
los animales es por causas genéticas
• El medio ambiente afecta los niveles de producción de
las características que medimos y queremos mejorar
• Estos efectos nos pueden inducir a seleccionar erróneamente
• Es necesario tenerlos en cuenta para estimar los Valores de Cría
sin errores
16. Ambiente
• No toda superioridad o inferioridad en la medición de
los animales es por causas genéticas
• El medio ambiente afecta los niveles de producción de
las características que medimos y queremos mejorar
• Estos efectos nos pueden inducir a seleccionar erróneamente
• Es necesario tenerlos en cuenta para estimar los Valores de Cría
sin errores
18. Efectos Ambientales
AjustablesAjustables
• Ocurren sistemáticamente, su
efecto es predecible.
• Son cuantificables.
• Están presentes en todos los
rodeos y todos los años.
• Afectan a cada individuo y
conocemos el nivel del efecto.
19. Efectos Ambientales
AjustablesAjustables
• Ocurren sistemáticamente, su
efecto es predecible.
• Son cuantificables.
• Están presentes en todos los
rodeos y todos los años.
• Afectan a cada individuo y
conocemos el nivel del efecto.
Funciones matemáticas
Ajuste de la producción de leche según el
número de la lactancia
20. Efectos Ambientales
AjustablesAjustables
• Ocurren sistemáticamente, su
efecto es predecible.
• Son cuantificables.
• Están presentes en todos los
rodeos y todos los años.
• Afectan a cada individuo y
conocemos el nivel del efecto.
Multiplicativos
Ajuste de la producción de leche según el
número de la lactancia
21. Efectos Ambientales
AjustablesAjustables
• Ocurren sistemáticamente, su
efecto es predecible.
• Son cuantificables.
• Están presentes en todos los
rodeos y todos los años.
• Afectan a cada individuo y
conocemos el nivel del efecto.
Aditivos
Ajuste de PN y PD según edad de la madre
(A.Angus)
22. Efectos Ambientales
GrupalesGrupales
• efectos ambientales que
afectan a grupos de
animales que se encuentran
bajo condiciones
irrepetibles, únicas para ese
grupo de individuos
• NO son ajustables
23. Efectos Ambientales
GrupalesGrupales
• efectos ambientales que
afectan a grupos de
animales que se encuentran
bajo condiciones
irrepetibles, únicas para ese
grupo de individuos
• NO son ajustables
24. El índice de selección es un poderoso método para la evaluación
genética.
Sin embargo un supuesto básico del índice de selección es que la
información de performance utilizada proviene de grupos
contemporáneos (mismo año y mismo establecimiento)
25. BLUP
Best Linear Unbiased Predicition
Mejor Predicción Linear Insesgada
Metodología estadística que permite resolver los problemas planteados por los
efectos ambientales, comparar distintas generaciones entre sí a lo largo del tiempo y
comparar establecimientos ganaderos que se encuentran en distintas zonas
geográficas.
26. BLUP
• El nombre proviene de sus propiedades estadísticas
Best Linear Unbiased Predicition
Mejor Predicción Linear Insesgada
• Tiene las mismas propiedades que el Indice de Selección,
permitiendo además incluír efectos ambientales.
• Utiliza toda la información disponible del animal y de sus
parientes basado en el coeficiente de parentesco (matriz
de parentesco = método tabular)
27. BLUP
Best Linear Unbiased Predicition
Mejor Predicción Linear Insesgada
• Utiliza toda la información disponible del animal y de sus
parientes basado en el coeficiente de parentesco (matriz
de parentesco = método tabular)
28. BLUP
• El nombre proviene de sus propiedades estadísticas
Best Linear Unbiased Predicition
Mejor Predicción Linear Insesgada
• Tiene las mismas propiedades que el Indice de Selección,
permitiendo además incluír efectos ambientales.
• Utiliza toda la información disponible del animal y de sus
parientes basado en el coeficiente de parentesco (matriz
de parentesco = método tabular)
• Utiliza un modelo lineal para representar los fenotipos
medidos u observados en la población
29. BLUP
Best Linear Unbiased Predicition
Mejor Predicción Linear Insesgada
• Utiliza un modelo lineal para representar los fenotipos
medidos u observados en la población
30. BLUP
Best Linear Unbiased Predicition
Mejor Predicción Linear Insesgada
• BLUP modelo animal
todos los animales de una población se evalúan
simultáneamente, incluso los que no tienen datos aún
• BLUP multicarácter
evaluación simultánea de varios caracteres
incluyendo las correlaciones genéticas entre
ellas (ejemplo : Peso al Nacer, Peso al Destete,
Peso Final)
31. Es la sumatoria de los efectos medios de todos los genes que posee un individuo,Es la sumatoria de los efectos medios de todos los genes que posee un individuo,
teniendo en cuenta ambos alelos en cada loci y considerando todos los loci que codificanteniendo en cuenta ambos alelos en cada loci y considerando todos los loci que codifican
para una característica determinadapara una característica determinada
En la práctica:
Es el doble de las desviaciones promedio de su progenie con respecto a la media de
la población, siempre y cuando dicho individuo haya sido apareado con una muestra
al azar de la población.
-Es expresado como desvío de la media de la poblacion
VC = 2 (Media hijos – Media poblacional)
VCE = 2 (Diferencia Esperada de la Progenie)
32. VCE = 2 (Diferencia Esperada de la Progenie)
la mayoría de las evaluaciones genéticas se
publican como DEPs
2
VCE
DEP =
33.
34.
35.
36.
37.
38. B1- Para una población de ganado lecheros se determinó : h2
= 0.25 y
En un centro de IA los toros serán seleccionados en base a X1
= promedio de 300 medio hermanas
paternas y X2
= promedio de 50 hijas.
b1
= 0.427 b2
= 1.103
a) Plantee el IS
b) Calcule las covariancias y variancias necesarias para las ecuaciones del IS
c) Calcule la exactitud de este IS.
d) Compare el peso relativo de b1
y b2
. Cuál es la fuente de información más importante?
toro X1
X2 IS exactitud ranking
A +1000 -10
B +80 +850
C 0 +80
D +50 +600
E +300 +7
22
X kg1600000σ =
39. aij . h2
. σ2
p
Calculo de covariancias entre parientes
σ
σ
2
P
2
Ga2
h =
Cov (Xi,Gα) = aiα . h2
. σ2
p
Cov (Xi,Xj) =
+
=
p
.a1).h-(p1
.σσ ii´
2
2
P
2
X
40. B1- Para una población de ganado lecheros se determinó : h2
= 0.25 y
En un centro de IA los toros serán seleccionados en base a X1
= promedio de 300 medio hermanas
paternas y X2
= promedio de 50 hijas.
b1
= 0.427 b2
= 1.103
a) Plantee el IS
b) Calcule las covariancias y variancias necesarias para las ecuaciones del IS
c) Calcule la exactitud de este IS.
d) Compare el peso relativo de b1
y b2
. Cuál es la fuente de información más importante?
toro X1
X2 IS exactitud ranking
A +1000 -10 415,97 0,81 3
B +80 +850 971,71 0,81 1
C 0 +80 88,24 0,81 5
D +50 +600 683,15 0,81 2
E +300 +7 135,821 0,81 4
22
X kg1600000σ =
41. B2.- Suponga que se evalúan individuos en base a dos IS, para cuatro características de distinta h2
I. IS = b1. X1 + b2. X2 + b3. X3
II. IS = b1. X1
Donde : X1 = información propia X2 y X3 = información de cada progenitor
a)Calcule la exactitud para ambos IS y cada h2
b)Grafique la relación b2 / b1 en función de la h2 para el primer IS.
c)Grafique la relación exactitud I / exactitud II , en función de la h2.
d)Basado en los gráficos anteriores, que puede concluir sobre el aporte de información propia y de los progenitores
en este IS?
IS
I
h2
0.10 0.30 0.50 0.70
b1
0.096 0.267 0.429 0.603
b2
0.045 0.110 0.143 0.139
b3
0.045 0.110 0.143 0.139
exactitud
IS
II
h2
0.10 0.30 0.50 0.70
b1
0.10 0.30 0.50 0.70
exactitud
42. B2.- Suponga que se evalúan individuos en base a dos IS, para cuatro características de distinta h2
I. IS = b1. X1 + b2. X2 + b3. X3
II. IS = b1. X1
Donde : X1 = información propia X2 y X3 = información de cada progenitor
a)Calcule la exactitud para ambos IS y cada h2
b)Grafique la relación b2 / b1 en función de la h2 para el primer IS.
c)Grafique la relación exactitud I / exactitud II , en función de la h2.
d)Basado en los gráficos anteriores, que puede concluir sobre el aporte de información propia y de los progenitores
en este IS?
IS
I
h2
0.10 0.30 0.50 0.70
b1
0.096 0.267 0.429 0.603
b2
0.045 0.110 0.143 0.139
b3
0.045 0.110 0.143 0.139
exactitud 0,38 0,61 0,76 0,86
b2/b1 0,47 0,41 0,33 0,23
IS
II
h2
0.10 0.30 0.50 0.70
b1
0.10 0.30 0.50 0.70
exactitud 0,32 0,55 0,71 0,84
43. B3.- Plantee el IS necesario para evaluar toros Angus para el rasgo peso al destete y calcule
su exactitud.
X1
= registro propio
X2
= registro del padre
X3
= promedio de 10 medio hermanos paternos
X4
= registro de la madre
b1
=0.25
b2
= 0.12
b3
= 0.33
b4
= 0.12
44. B4.- Calcule la lactancia ajustada por le número de parto de las siguientes vacas Holando Argentino,
utilizando factores de ajuste multiplicativos. Cual es número de parto al cual se ajustan las lactancias ?
vaca Nro. De parto producción controlada producción ajustada
A 1 6.000 kg
B 3 13.000
C 6 10.000
D 9 7.500
45. B5.- Calcule el peso de los siguientes terneros Angus considerando la edad de la madre para peso al nacer y peso al destete.
Fuente : Asociación Angus Argentina
ternero PN PD edad madre
A 35 250 2 años
B 42 300 8
C 40 295 4
D 39 310 10
46. B6.- Analice la información del toro Angus adjunta, correspondiente al catálogo de un centro de IA y
haga una lista de los caracteres evaluados, su correspondiente DEP y Precisión
Notas del editor
Obsérvese que utilizando la información disponible de un carácter es posible estimar el valor de cría que no es observable, es desconocido.
Un fenotipo en una poblacion es una medicion, no es algo abstracto. Si hablamos de caracteres de crecimiento , por ejemplo peso al nacer, peso al destete y peso adulto, quiere decir que hemos utilizado una balanza y tomado esa medicion a distinta edad de un animal que esta identificado. Si hablamos de la produccion de leche de una vaca, quiere decir que hemos medido la produccion durante su lactancia y que hemos tomado muestras de esa leche para conocer su composicion ( cantidad de grasa butirosa, cantidad de proteina, recuento de celulas somaticas).
a.- Requiere definición de rasgo o carácter. Ej: peso al destete, producción de leche, peso de vellón.
b.- Población vs. Caso. Desafío para el estudiante de veterinaria