3. Proteínas Su estructura química está formada por la unión en cadena lineal de un conjunto de bloques. Cada bloque es uno de los 20 aminoácidos que se listan.
4. Aminoácidos Son los “ladrillos” de las proteínas. Todos tienen la misma estructura básica.
10. Propiedades de los aminoácidos *Existen 20 tipos (de manera general). *Las propiedades de cada aminoácido están determinadas por su cadena lateral. *Existen abreviaciones con códigos de una y tres letras (!).
19. R ácido amino NH2 Ca COOH H NH2 COO- COOH NH3+ pKa ~ 2.2 pKa ~ 9.4 R +NH3 Ca COO- H A pH fisiológico los aminoácidos son zwitteriones Aminoácidos Los grupos amino y ácido carboxílico tienen pKa’s
20. pKa El pH se define como la concentración de iones hidronio. …esto se basa en el equilibrio que se logra entre una molécula y sus ácidos y bases conjugados.
21. La constante de equilibrio de esta reacción esta dada por: Si despejamos [H+]
22. Aplicando log en ambos lados de la ecuación (..y un signo negativo). Esta es la ecuación de Henderson-Hasselbach
23. Quesignifica la ecuación de Henderson-Hasselbalch pH = pK + log ([A-]/[HA]) Si consideramosque un ácido HA esta 50% disociado HA H+ + A- i.e. [HA] = [A-] En laecuaciónel términolog ([A-]/[HA]) eslog 1 y log 1 = 0 Lo cual se traduce a pH = pK Luegoentonces: El pKesunamedida del pH al cual un grupo Ionizableestadisociado en un 50%
24. Titulación de la alanina con NaOH http://www.wiley.com/college/fob/quiz/quiz04/4-8.html
27. Histidina Debido a que el pKa de la histidina es cercano a un pH neutro, su estado de protonación depende fuertemente de su ambiente local. Esta característica es empleada frecuentemente en la naturaleza para usarlo como un interruptor molecular.
28. Enlace Peptidico Para generar una proteína, los aminoácidos se unen en una cadena polipeptidica a través de un enlace peptidico.
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30. Polipéptidos Las proteínas no son mas que larguísimas cadenas polipéptidicas. Las cadenas que tienen menos de 50 (en ocasiones el limite se fija en 100!) aminoácidos o residuos son llamada polipéptidos. Si las cadenas son mas grandes…se les llama proteínas.
37. Grafica de Ramachandran Los ángulos φ y ψ presentes en los aminoácidos que conforman una cadena polipeptidica o una proteína se encuentran restringidos. Esto se debe mayoritariamente a impedimentos estéricos (excepto la glicina!)
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39. Estructura Secundaria La estructura primaria, o mejor dicho, la cadena principal de una proteína debe organizarse en una manera compacta. Esto se hace produciendo elementos de estructura secundaria. Los dos elementos mas comunes son las hélices alfa y las hojas beta, formadas por aminoácidos con ángulos φ y ψ mas o menos similares. Existen mas elementos de estructura secundaria como son: turns, coils, hélices 3 10, etc.
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44. Puentes Disulfuro Pares de cisteínas son capaces de formar enlaces covalentes entre ellos (cistinas). Esto adiciona estabilidad y es común e proteínas extracelulares.
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48. Sin embargo los enlaces no-covalentes son muy usados en la estabilización de estructuras secundarias, terciarias y cuaternarias.
60. OBTENCIÓN DE MATERIAL Proteínas extracelulares Lisis enzimática (protoplastos) Sonicación Prensa de French Extracción Congelado y descongelado ETC…
66. En general, la optimización de cualquiera de estos parámetros puede obtenerse solamente a costas de los otros de forma que cada paso de la purificación debe ser seriamente evaluado.
