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TOMA DE MUESTRAS EN INFECTOLOGIA
Coordinador: Dr. Alberto Chaparro
Presenta: Guardia A
Fecha: 11.08.2022
INSTITUTO MEXICANO DEL SEGURO SOCIAL
HOSPITAL DE INFECTOLOGÍA- CMN LA RAZA

TOMA DE MUESTRAS PARA ESTUDIOS MICROBIOLÓGICOS.

1. Obtención de muestras:
 Realizarla en condiciones asépticas.
 Evitando contaminación ambiental y contacto con
desinfectantes.
2. Solicitud:
 Identificación del paciente y médico.
 Datos de la muestra (hora, tipo de muestra, dx , localización anatómica,
procedimiento de obtención).
Estudios solicitados.
3. Identificación de la muestra:
 Identificación del paciente.
 Tipo de muestra
 Fecha y hora de extracción
TOMA DE MUESTRAS PARA ESTUDIOS MICROBIOLÓGICOS.

Hemocultivos
• 1 set = 20 – 30 ml de sangre.
• 2-4 sets
• Contaminación Incremento de
costos y confusión.
• Aceptable 3% de contaminantes
• Candidemia 50%
• Tiempo de crecimiento 48
h
• Hasta 5 – 7 días incubación
• Microorganismos
fastidiosos (HACECK,
Brucella spp, Bartonella
spp spp, etc)

¿Cuántas parejas de hemocultivos?
% SENSIBILIDAD DE DETECCION VS NUMERO DE
PAREJAS DE HEMOCULTIVOS
73,2
93,9 96,9
0
20
40
60
80
100
120
1 PAREJA 2 PAREJAS 3 PAREJAS
NUMERO DE PAREJAS
5
SENSIBILIDAD
DE
DETECCION

Vías respiratorias bajas
• El cultivo de muestras de vías
respiratorias inferiores se realiza para
detectar y/o contar microorganismos
que sean agentes causales de
infecciones de vías respiratorias
inferiores.
• Lavado broncolaveolar (LBA)
• Aspirado traqueal (AT)
• La expectoración
1. Bronquitis y bronquiolitis
2. Neumonía adquirida en la
comunidad (NAC);
3. Neumonía adquirida en el
hospital (HAP) y neumonía
asociada al ventilador (VAP)
4. Infecciones broncopulmonares
en pacientes con fibrosis
quística
5. Neumonía en el huésped
inmunocomprometido.

Expectoración
• Procedimiento microbiológico.
• Se trabaja la parte más purulenta de la muestra.
• El Agar Sangre y Agar Chocolate se incuban
durante 48 horas a 37o C.
• El Agar Sabouraud se incuba durante 7 días a
temperatura ambiente.
• Examen directo del esputo con KOH al 10 %, para
observar presencia o ausencia de pseudohifas con
lente de 40 X.
• La tinción de Gram directa de la muestra.

• Se consideran recuentos
significativos los
recuentos iguales o
superiores a 104 UFC/ml.
- Tincion de Gram: Valoración de la muestra.
- Tincion de Giemsa: P. Jirovecci, hongos, otros.
- Tinción para hongos (blanco de calcoflúor,
potasa u otras)
- Inmunofluorescencia de P. Jirovecci.
- Inmunofluorescencia de Legionella
pneumophila.

• Se examinan todas las placas a las 24 y 48 horas,
excepto el MacConkey, que se descartará si es
negativo a las 24 horas.
• Si en agar sangre y agar chocolate sólo se observa
flora orofaríngea descartar los cultivos.
- Agar sangre: Valorar microorganismo
predominante o con recuento significativo, con
especial interés en S.pneumoniae y en su caso
el S. aureus.
- Agar Chocolate: Valorar microorganismo
predominante o con recuento significativo con
especial interés en H.influenzae y M.
catarrhalis.
- Agar MacConkey: Valorar bacilos Gram
negativos abundantes y predominantes como
enterobacterias o bacilos Gram negativos no
fermentadores.

Patógenos
• Estreptococos betahemolíticos
• Staphylococcus aureus
• Enterococcus spp
• Bacillus anthracis,
• Pseudomonas aeruginosa
• Enterobacteriaceae
• Bacteroides spp.
• Prevotella spp.
• Porphyromonas spp.
• Peptostreptococcus spp.

Microbiota
habitual
• Corynebacterium spp.
• estafilococos coagulasa
negativo
• Micrococcus spp.
• Aerococcus spp.
• Especies de Neisseria spp.
no patógenas
• estreptococos alfa y no
hemolíticos, etc.
• Propionibacterium spp.
• Clostridium spp.,
• Peptostreptococcus spp.

• Lesiones que
presenten signos
clínicos de infección
• Que se estén
deteriorando o que
no cicatricen
despúes de un
periodo prolongado.

Biopsias
• Heridas cerradas:
• Desinfectar con clorhexidina al 2% o etanol al 70 °
• Povidona yodada 10 %
• Retirar con etanol
• Heridas abiertas
• Eliminar material necrótico y tejidos desvitalizados
• Lavar con suero salino estéril

• Trayectos fistulosos no representan la
verdadera etiología en casos de
osteomelitis subyacente
• Abscesos cerrados —> saspirar el
pus con jeringa y aguja,
preferiblemente a través de una zona
de piel sana.
• hheridas abiertas —> muestrear con
una torunda un área de
aproximadamente 1 cm2 del tejido
celular subcutáneo de los bordes de
la herida o de la base de la lesión

• Quemaduras
• 2 incisiones paralelas, de
unos 1-2 cm de longitud,
separadas 1,5 cm, con bisturí
y pinzas estériles, se
obtendrá una muestra lo
suficientemente profunda
como para llegar hasta tejido
viable.
• Microbiologico
• Histológico

• Cultivo cuantitativo. Se hace de muestras de tejidos y biopsias.
Se pesa la muestra y se homogeniza en solución salina,
inoculando en los medios de cultivo 4 diluciones de este
homogeneizad.
• Gram: Dilución.

• Cultivos semicuantitativos y cuantitativos, el recuento de
colonias se efectúa a las 48 h de incubación.
• Los medios de cultivo para aerobios se incuban
• 48 h no invasivas
• 4 días muestras invasivas.
• Los medios de cultivo para anaerobios se incuban durante 7
días.
• Los caldos se incuban durante un mínimo de 4 días.

Coprocultivo
Es la siembra de una muestra adecuada de
heces en medios de cultivo apropiados para
el desarrollo de bacterias entéricas
patógenas.

Análisis de heces mediante cultivo o métodos
independientes está indicado para enfermedades
diarreicas graves, sanguinolentas, febriles,
disentéricas, nosocomiales o persistentes
• Salmonella
• Shigella
• Campylobacter
• Escherichia coli
Muestra adecuada

1
muestra
87%–94%
98%
Adultos
Niños

Miller JM, Binnicker MJ, Campbell S, Carroll KC, Chapin KC, Gilligan PH, Gonzalez MD, Jerris RC, Kehl SC, Patel R, Pritt BS, Richter SS, Robinson-Dunn B, Schwartzman JD, Snyder JW, Telford S 3rd, Theel ES, Thomson RB
Jr, Weinstein MP, Yao JD. A Guide to Utilization of the Microbiology Laboratory for Diagnosis of Infectious Diseases: 2018 Update by the Infectious Diseases Society of America and the American Society for Microbiology.
Clin Infect Dis. 2018 Aug 31;67(6):e1-e94. doi: 10.1093/cid/ciy381. PMID: 29955859; PMCID: PMC7108105.

• Se recolectan 3 o 4 tubos de líquido cefalorraquídeo (LCR) por punción
lumbar para estudios de diagnóstico.
• El primer tubo tiene el mayor potencial de contaminación con la flora de la
piel y no debe enviarse al laboratorio de microbiología para frotis directos,
cultivos o estudios moleculares.
• Enviar un mínimo de 0,5 a 1 ml de LCR inmediatamente después de la
recolección al laboratorio de microbiología en un recipiente estéril para
pruebas bacterianas.
Cuando el volumen de la muestra es menor que el requerido para múltiples solicitudes de prueba, se debe
proporcionar al laboratorio la priorización de las pruebas.

• Aunque se dispone de una PCR múltiple aprobada por la FDA dirigida a 14
organismos para diagnosticar meningitis y encefalitis, no debe
considerarse un reemplazo del cultivo, ya que la experiencia clínica con el
ensayo es limitada y se han informado problemas de especificidad.

• Volúmenes más grandes (5–10 ml) aumentan la sensibilidad del
cultivo y son necesarios para una recuperación óptima de
micobacterias y hongos.

RECOMENDACIONES
• Siempre que sea posible, recolecte muestras antes de iniciar la terapia antimicrobiana.
• También se deben obtener de dos a 4 BC si se sospecha meningitis bacteriana.
• Informe al laboratorio de microbiología si es posible la presencia de organismos inusuales (p. ej., Nocardia ,
hongos, micobacterias), para los cuales se requieren procedimientos especiales.
• No refrigere el LCR.
• Los tubos de LCR n.° 2 o n.° 3, no el n.° 1, deben enviarse para cultivo bacteriano y pruebas moleculares.
• Intente recolectar la mayor cantidad de muestra posible para múltiples estudios (el mínimo recomendado es 1
mL); priorice múltiples solicitudes de prueba en muestras de pequeño volumen.

UROCULTIVOS
A Guide to Utilization of the Microbiology Laboratory, IDSA
2018: Urinary Tract infection p47-58

TOMA DE MUESTRA
• La orina recolectada en un individuo normal por aspiración suprapúbica de la vejiga
es estéril y no contiene leucocitos (Este método representa el “estándar de oro”)
• Se debe aceptar algún grado de contaminación mínima con organismos uretrales
normales. Una muestra con micción de chorro medio durante el día es aceptable
• Muestreo ideal:
1. La desinfección local del meato y la mucosa adyacente debe realizarse con una
solución antiséptica no espumante
2. El contacto de la corriente urinaria con la mucosa debe minimizarse extendiendo
los labios menores o con retracción del prepucio
3. El flujo inicial de la muestra anulada. Es la muestra intermedia posterior que debe
enviarse al laboratorio

• Esterasa Leucocitaria
Cultivar sólo la orina que ha dado positivo en la prueba de piuria, ya sea con una prueba de esterasa
leucocitaria aumenta la probabilidad de un cultivo positivo.
Detecta >10 leucocitos por campo de alta potencia S: 75 – 96% E 94-98%
• Nitritos
Representa el índice de bacteriuria significativa, depende de los patógenos productores de nitrito (nitrato
reductasa)
Falsos positivos: Patógenos no productores de nitritos (Staphylococcus, Pseudomonas, Estreptococos del
grupo B, Acinetobacter, Enterococcus faecalis y hongos)
Fase temprana de la infección, disminución del pH, glucosuria >5g/L, densidad > 1.020 y proteinuria >1g/L
METANALISIS concluyentes: Prueba de orina con esterasa leucocitaria y nitrito positivas (S 68% E 88%)
La presencia de bacterias en ausencia de piuria orienta a contaminación del muestro en paciente asintomático
En pacientes con síndrome uretral agudo de repetición sin tener piuria se debe realizar muestreo repetido
La presencia de piuria tiene distintas causas: Contaminación de muestra de orina por solución esterilizante,
nefritis intersticial crónica, nefrolitiasis, cistitis intersticial, tumor uroepitelial, tuberculosis.

Definición de cultivo de orina positivo
Pacientes asintomáticos el umbral estándar para el crecimiento
bacteriano en chorro medio es de ≥10^5 UFC/ml.
En mujeres sintomáticas con piuria, los recuentos de orina más
bajos a media altura (es decir, ≥10^2/mL) se han asociado con la
presencia de bacteriuria vesical.
Por lo tanto, en tales casos, los hallazgos de un recuento de colonias
<10^5 pero ≥10^2 UFC/mL aún puede ser indicativo de una
infección urinaria.
-Pacientes con tx antimicrobiano
-Pacientes con uso de catéter vesical
-Pacientes masculinos (menor índice de contaminación)

Prostatitis bacteriana
• Signos clínicos y los hallazgos físicos combinados con cultivos positivos de
orina o de secreción prostática de orina o de próstata que arrojan
patógenos habituales del tracto urinario.
• La muestra tradicional de Meares-Stamey de 4 tomas:
Se obtiene recogiendo la primera micción de 10 ml, una muestra de la mitad
del chorro, las secreciones prostáticas expresadas (EPS) y una orina de 10 ml
posterior al masaje prostático.
Es positiva si se encuentra un recuento 10 veces mayor en las EPS que en la
orina del flujo medio de orina
• Hay que recordar que el masaje prostático en un paciente con prostatitis
bacteriana aguda puede precipitar una bacteriemia y/o choque septico

Puntos clave para el diagnóstico de laboratorio de las infecciones del tracto urinario (ITU)
• Mantenga la orina a la temperatura del refrigerador si no se cultiva en 30 minutos, o utilice un dispositivo de transporte de orina (ácido bórico u otro
conservante) NO MANTENER A TEMPERATURA AMBIENTE >30 minutos
• El reflejo para el cultivo después de un cribado positivo de piuria debe ser una política aprobada localmente
• La presencia de 3 o más especies de bacterias en una muestra de orina suele indicar contaminación en el momento de la recogida, y la interpretación
está llena de errores
• El cateterismo directo o "in-and-out" de un paciente debidamente preparado suele proporcionar una muestra menos contaminada.
• Si se recuperan bacterias entéricas mixtas en un número elevado en una segunda muestra bien recogida y cateterizada directamente del mismo
paciente, debe considerarse la posibilidad de una fístula entérico-urinaria.
• La presencia de levaduras en la orina puede indicar raramente una infección sistémica, para lo cual deben realizarse pruebas adicionales para su
confirmación (por ejemplo, cultivos de sangre y niveles de β-glucano).
• Las muestras de catéteres urinarios colocados durante más de 4 horas suelen contener flora colonizadora debido a la rápida formación de una
biopelícula en la superficie del catéter, que puede no representar una infección.
• No pida al laboratorio que informe de "todo lo que crece" sin consultar primero con el laboratorio y proporcionar documentación sobre los criterios
de interpretación del cultivo en el manual de procedimientos de cada laboratorio

CRITERIO MICROBIOLOGICO
A Guide to Utilization of the Microbiology Laboratory,
IDSA 2018: Urinary Tract infection p47-58

Cultivo de huesos y
articulaciones
Victoria D. Torres Arrieta
Residente de 2do año. Medina Interna

Introducción
Osteomielitis
Secundaria a
diseminación
hematógena desde
un sitio diferente
(monomicrobiano)
Inoculación directa
de microorganismos
dentro del hueso
posterior a cirugía o
trauma
(polimicrobiano)
Infección
protésica
Contaminación en
tiempo quirúrgico de
artroplastia
Diseminación
hematógena o por
contiguidad

Formas correctas de tomar el cultivo
Aspirado de la colección
Biopsia del tejido
NO se recomiendan
hisopados
Tomar simultáneamente
hemocultivos en:
- Osteomielitis
- Infección de articulación
Secreciones de la articulación
🡪 cultivarse en medios de
hemocultivos.
Infecciones protésicas: 3 – 4
muestras por separadas y
enviadas a cultivo,
transportadas en
contenedores para
anaerobios

Criterio microbiológico y pruebas que se van
a realizar con la muestra
•
Osteomielitis

Criterio microbiológico y
pruebas que se van a realizar
con la muestra
•
Infecciones
de
articulación
nativa
y
Bursitis

Criterio microbiológico y
pruebas que se van a realizar
con la muestra
•
Infecciones
protésicas

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