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Farmacogenómica
En la actualidad, la asistencia sanitariaha pasadodeser unmodelo «de talla única» a unrégimen
preciso individualizado, conocido como la medicina personalizada (MP). La forma en la que
respondenlospacientes a la farmacoterapia es muy diferente y ningúnmedicamento es eficaz al
100% entodoslospacientes. Estosedebe, fundamentalmente, afactoresgenéticos, epigenéticos
y ambientales, que afectan a las proteínas que metabolizan o trasportan los fármacos, sus
receptores o ambos, influyendotantoen su eficacia como en su seguridad. Se haobservadoque
el tratamiento con warfarina está influido por factores genéticos y no genéticos, los cuales
pueden aumentar la estimación preventiva de la dosis de warfarina.
La farmacogenómica (PGx) es la fuerza impulsora de este nuevo enfoque terapéutico, cuyo
objetivo principal es el estudio de la base genética de la respuesta a fármacos para mejorar los
resultados clínicos de la farmacoterapia con el desarrollo de nuevos tratamientos basados en
cada individuo. Desde 1959, cuandoVogel publicó el primer estudio sobrePGx, se ha producido
un progresivo aumento de investigaciones dirigidas a identificar variantes génicas o productos
génicos que puedenmodificar la magnituddel efecto farmacológico y los efectos secundariose
interacciones fármaco-fármaco. Sin embargo, su implementación en la práctica clínica está
ralentizada debido a múltiples barreras, entre las que destacan la falta de laboratorios coste-
efectivos, de estándares de calidad, de directrices, garantías legales y éticas y, quizás la más
importante, la carencia de profesionales de la salud capacitados para interpretar los resultados
de las pruebas. Para ello, un requisito clave es la creación de equipos multidisciplinares que
incluyan profesionales de farmacia, genética, biología molecular, bioinformática, clínicos y
expertos enaspectoslegales, éticos y sociales. De este modo, el usodela PGx podríadisminuirel
coste general de la atención médica debido a la reducción de las reacciones adversas a los
medicamentos, el número de ensayos fallidos, el tiempo necesario para obtener la aprobación
del fármaco, la duración del tratamiento, la cantidadde medicamentostomadosy los efectos de
la enfermedad en el cuerpo.
Genesimplicadosen elmetabolismo defármacos
Entender la constitución genética de un individuo puede ser la clave para recetar el mejor
tratamiento farmacológico disponible desde el principio, evitando utilizar el método tradicional
de ensayo y error. Para estudiar los genes que participan en la respuesta y la dosis de
medicamentos se requiere el análisis de moléculas denominadas biomarcadores, que pueden
estar implicados en los procesos farmacocinéticos o farmacodinámicos. Estos biomarcadoresse
basan en la presencia de variaciones en la secuencia de ADN, siendo los polimorfismos los
estudiados con más frecuencia en PGx. Estas variantes genéticas dan lugar a variantes
moleculares de las enzimasmetabolizadoras, receptores o proteínasde transportede fármacos
y, por tanto, pueden alterar la eficacia y/o seguridad de los mismo
Las reacciones de biotransformación de fármacos se dividen en 2 fases y son realizadas por
enzimasde naturalezamuy diferente. Dentrode la fase i destacanlos citocromosP450 (CYP450),
responsables de la descomposición de más de 30 clases de medicamentos diferentes17.
Inicialmente, los genes de la superfamilia P450 se nombraban de acuerdo con la función de la
isoenzima que codificaban. A finales de la década de los 80 se estableció un sistema de
nomenclaturaen la que dichos genes se subdivideny clasifican sobre la base de la identidadde
aminoácidos, los criterios filogenéticos y la organización genética. El símbolo de raíz CYP es
seguido por un número arábigo que designa la
familia de enzimas (generalmente grupos de proteínas con más del 40% de identidad de
secuencia de aminoácidos, delos cuales hay más de 200), unaletra para la subfamilia (identidad
superior al 55%)y unnúmero parael gen, que denotala enzimaindividual;por ejemplo, CYP2E1
es llamadoasí porquepertenece a la familia 2, subfamilia E. Para cada alelo se designa como*1
y las variantes alélicas se numeran de forma secuencial según se han ido identificando (*2, *3,
etc.). Dichas variantessonlasquecausanvariaciónentreindividuosen larespuestafarmacológica
o la susceptibilidada la acción de tóxicos. Las variaciones genéticas quepresentan estasenzimas
pueden generar importantes modificaciones en la actividad enzimática final, afectando a los
niveles séricos de fármacos. Así, surge unaclasificación de la respuestaen metabolización lenta,
intermedia, eficiente y rápida/ultrarrápida. En la actualidad, existen paneles a disposiciónde los
pacientes que ofrecen pruebas para determinar el tipo de metabolización frente a ciertos
medicamentos. Los identificados como metabolizadores lentos pueden experimentar efectos
adversos o sufrir sobredosificación con una dosis normal, mientras que la metabolización
ultrarrápida da lugar a menores niveles plasmáticos del fármaco con una menor repuesta
terapéutica. Esta información es valiosa para elegir los medicamentos en el tratamiento de
afecciones muy graves, desde trastornos de sangrado (warfarina) hasta cáncer de mama
(tamoxifeno). En el grupo de las enzimas de la fase ii se encuentran el glutatión S-transferasas
(GST), N-acetiltrasnferasas, UDP glucuroniltransferasas (UGT o UDPGT), sulfotransferasas y
metiltransferasas como tiopurina S-metiltransferasa (TPMT) y catecol-O-metiltransferasas
(COMT), entre otras. Todas presentan variantes alélicas que se asocian a efectos adversos a
fármacos. La variabilidad en la respuesta del fármaco también se puede explicar por la
variabilidadgenética en las dianasdel fármaco. Ciertos polimorfismosse hanasociadocon genes
que codifican receptores, lo que da como resultado una alteración en la función, la afinidad de
uniónal sustrato, la expresión o la regulación de dichos receptores. Suexpresión aumentadaen
tejidos donde no se desea el efecto farmacológico puede provocar reacciones adversas. Por el
contrario, la disminucióndesu expresiónpuede conllevarunafalta de respuesta. Enlosprocesos
de absorcióny distribuciónde los fármacos, sustrasportadorestienenunpapel muy importante,
destacandolostrasportadoresATP-binding-cassette(ABC), que sonlos encargadosdel tráfico de
compuestos entre el interior y el exterior celular. El más investigado es la glucoproteína-P,
codificada por el gen ABCB1 o MDR1. Es importante en la excreción de metabolitos a la orina,
bilis y luz intestinal, mientrasque en la barrera hemato-encefálicalimita la acumulaciónde varios
fármacos al cerebro. Los polimorfismos genéticos en este gen provocan modificaciones en la
concentración de los fármacos causandodesde falta de acción terapéutica hastaciertos efectos
adversos.
Aplicación clínica de la farmacogenómica
Para laaplicaciónclínicade laPGx existenactualmente2enfoquesmetodológicosdiferentes:el
análisisde genescandidatosy losestudiosde asociacióngenómica(Genome Wide Association
Studies (GWAS).
Los estudios de genes candidatos, que llevan aplicándose durante más tiempo, se centran en
unos pocos genes implicados en el metabolismo de fármacos, transporte o rutas diana. Estos
análisis son relativamente baratos, más sencillos de interpretar y permiten validar la relación
entre genotipo y fármacos. Así, este enfoque identifica la variabilidad en la respuesta del
fármaco entre los individuos, confirma que la variación no es consecuencia secundaria de la
alteración de otros parámetros del paciente (p. ej.,volumen de distribuciónalterado), y luego
busca polimorfismos en los genes que codifican proteínas implicadas en la disposición de ese
determinadofármaco.Una vez que se encuentraun polimorfismo,esnecesariodeterminarsu
utilidad mediante el estudio de las frecuencias génicas estratificadas por población. Si se
determina que la frecuencia del alelo particular es sustancial, se intenta determinar su validez
clínica, esdecir,la capacidad del genotipopara predecirunfenotipoparticular.Porlo tanto,el
alelo en cuestión podría considerarse clínicamente significativo si la frecuencia se considera
significativa(el polimorfismopuede detectarse conunasensibilidadyespecificidadadecuadas)
ypredecirde manerafiable larespuesta(eficaciaotoxicidad).El estudiofarmacogenómicoideal
sería el que analizase polimorfismosconrepercusiónfuncional comprobadadel gencandidato.
Sin embargo, no siempre se dispone de la información completa que permita definir los
polimorfismos funcionales candidatos, ni de este tipo de información para todos los
polimorfismos genéticos conocidos de cierto gen candidato. Como solución a la falta de esta
información, existen herramientas bioinformáticas que pueden proporcionar una estimación
aproximada del efecto funcional putativo. Otra alternativa sería buscar polimorfismos
funcionalesputativosmediantelainvestigaciónde SNPlocalizadosenlasregionesde losgenes
candidatos muy conservadas en otras especies. La estrategia de resecuenciación de genes
candidatos ha aportado resultados satisfactorios en la identificación de nuevos polimorfismos
genéticos con repercusión funcional directamente relacionados con variables de evaluación
fenotípica. De este modo, se podrían realizar pruebas genéticas específicas antes de iniciar el
uso del fármaco.
Los GWAS consideran todos los genes y secuencias no codificantes del genoma humano,
asumiendoque todoel material genéticotiene lamismaprobabilidadde afectara la respuesta
a fármacos.Conladisponibilidadde lainformacióngenéticahumanayel descensode loscostes
de secuenciación,losGWASsoncada vezmás frecuentes,aunquesuutilidadagranescalaestá
limitadaporladificultadde interpretaciónde losresultados.Este enfoque,portanto,realizaun
estudiode asociaciónde todo el genomaenel que se compara el perfil genómicocompletode
2 gruposde pacientesclasificadossegúnunoscriteriosfenotípicosdeterminadosapriori:casos
(losque recibenelfármaco)ycontroles(losque recibenplacebo).Segenotipificanambosgrupos
y se comparan las frecuencias alélicas y/o genotípicas entre ambos. Los polimorfismos que
resulten más o menos frecuentes en los casos respecto a los controles se definen como
asociadosal fenotipoinvestigado(alavariable de evaluaciónfenotípica) y, consecuentemente,
como polimorfismos candidatos. Posteriormente, el/los posibles genes(es) candidato(s) puede
ser estudiado en una población confirmatoria de pacientes. La información genética adquirida
puede usarse de manera preventiva,con identificacióndel genoma utilizando polimorfismos
conocidos y disponiblesen el momento de la prescripción y de acompañamiento como apoyo
en las decisiones clínicas. Estos estudios de asociación con cobertura genómica completa han
proporcionado formidables resultados en enfermedades oftalmológicas, oncológicas,
endocrinológicas, neurológicas, cardiovasculares e infecciosas
Ambos enfoques, teóricamente, podrían dar como resultado mejores resultados para el
paciente minimizando el uso ineficaz y potencialmente dañino del ensayo y error en la
dosificación.De estemodo,sepodríanevitarnivelesséricosde fármacosubosupraterapéuticos
y disminuir el tiempo hasta alcanzar niveles terapéuticos de fármacos en pacientes con una
reserva fisiológica disminuida. Una mayor eficiencia en la utilización de medicamentos puede
proporcionar mejores resultados y menores costes asociados a sus efectos adversos.
Limitaciones para la implementación de la farmacogenómica en la
práctica clínica
BIBLIOGRAFIA
1. Shuldiner AR, Relling MV, Peterson JF, Hicks JK, Freimuth RR, Sadee W, et al. The
Pharmacogenomics Research Network Translational Pharmacogenetics Program:
Overcomingchallenges of real-world implementation. Clin Pharmacol Ther. 2013
2. Jorgensen AL, Hughes DA, Hanson A, van Eker D, Toh CH, Pirmohamed M, et al.
Adherence and variability in warfarin dose requirements: Assessment in a
prospective cohort. Pharmacogenomics. 2013
3. Kawamoto K, Lobach DF, Willard HF, Ginsburg GS. A national clinical decision
supportinfrastructure toenable the widespreadandconsistentpracticeof genomic
and personalized medicine. BMC Med Inform Decis Mak. 2009
4. Vogel F. Moderne Probleme der Humangenetik. Ergebn Inn Med Kinderheilkd.
1959.
5. Harper AR, Topol EJ. Pharmacogenomicsinclinical practice anddrugdevelopment.
Nat Biotechnol. 2012;30:1117-24
6. Klein ME, Parvez MM, Shin JG. Clinical implementation of pharmacogenomics for
personalized precision medicine: Barriers and solutions. J Pharm Sci. 2017.

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Farmacogenomico 2.0

  • 1. Farmacogenómica En la actualidad, la asistencia sanitariaha pasadodeser unmodelo «de talla única» a unrégimen preciso individualizado, conocido como la medicina personalizada (MP). La forma en la que respondenlospacientes a la farmacoterapia es muy diferente y ningúnmedicamento es eficaz al 100% entodoslospacientes. Estosedebe, fundamentalmente, afactoresgenéticos, epigenéticos y ambientales, que afectan a las proteínas que metabolizan o trasportan los fármacos, sus receptores o ambos, influyendotantoen su eficacia como en su seguridad. Se haobservadoque el tratamiento con warfarina está influido por factores genéticos y no genéticos, los cuales pueden aumentar la estimación preventiva de la dosis de warfarina. La farmacogenómica (PGx) es la fuerza impulsora de este nuevo enfoque terapéutico, cuyo objetivo principal es el estudio de la base genética de la respuesta a fármacos para mejorar los resultados clínicos de la farmacoterapia con el desarrollo de nuevos tratamientos basados en cada individuo. Desde 1959, cuandoVogel publicó el primer estudio sobrePGx, se ha producido un progresivo aumento de investigaciones dirigidas a identificar variantes génicas o productos génicos que puedenmodificar la magnituddel efecto farmacológico y los efectos secundariose interacciones fármaco-fármaco. Sin embargo, su implementación en la práctica clínica está ralentizada debido a múltiples barreras, entre las que destacan la falta de laboratorios coste- efectivos, de estándares de calidad, de directrices, garantías legales y éticas y, quizás la más importante, la carencia de profesionales de la salud capacitados para interpretar los resultados de las pruebas. Para ello, un requisito clave es la creación de equipos multidisciplinares que incluyan profesionales de farmacia, genética, biología molecular, bioinformática, clínicos y expertos enaspectoslegales, éticos y sociales. De este modo, el usodela PGx podríadisminuirel coste general de la atención médica debido a la reducción de las reacciones adversas a los medicamentos, el número de ensayos fallidos, el tiempo necesario para obtener la aprobación del fármaco, la duración del tratamiento, la cantidadde medicamentostomadosy los efectos de la enfermedad en el cuerpo. Genesimplicadosen elmetabolismo defármacos Entender la constitución genética de un individuo puede ser la clave para recetar el mejor tratamiento farmacológico disponible desde el principio, evitando utilizar el método tradicional de ensayo y error. Para estudiar los genes que participan en la respuesta y la dosis de medicamentos se requiere el análisis de moléculas denominadas biomarcadores, que pueden estar implicados en los procesos farmacocinéticos o farmacodinámicos. Estos biomarcadoresse basan en la presencia de variaciones en la secuencia de ADN, siendo los polimorfismos los estudiados con más frecuencia en PGx. Estas variantes genéticas dan lugar a variantes moleculares de las enzimasmetabolizadoras, receptores o proteínasde transportede fármacos y, por tanto, pueden alterar la eficacia y/o seguridad de los mismo Las reacciones de biotransformación de fármacos se dividen en 2 fases y son realizadas por enzimasde naturalezamuy diferente. Dentrode la fase i destacanlos citocromosP450 (CYP450), responsables de la descomposición de más de 30 clases de medicamentos diferentes17. Inicialmente, los genes de la superfamilia P450 se nombraban de acuerdo con la función de la isoenzima que codificaban. A finales de la década de los 80 se estableció un sistema de nomenclaturaen la que dichos genes se subdivideny clasifican sobre la base de la identidadde aminoácidos, los criterios filogenéticos y la organización genética. El símbolo de raíz CYP es seguido por un número arábigo que designa la
  • 2. familia de enzimas (generalmente grupos de proteínas con más del 40% de identidad de secuencia de aminoácidos, delos cuales hay más de 200), unaletra para la subfamilia (identidad superior al 55%)y unnúmero parael gen, que denotala enzimaindividual;por ejemplo, CYP2E1 es llamadoasí porquepertenece a la familia 2, subfamilia E. Para cada alelo se designa como*1 y las variantes alélicas se numeran de forma secuencial según se han ido identificando (*2, *3, etc.). Dichas variantessonlasquecausanvariaciónentreindividuosen larespuestafarmacológica o la susceptibilidada la acción de tóxicos. Las variaciones genéticas quepresentan estasenzimas pueden generar importantes modificaciones en la actividad enzimática final, afectando a los niveles séricos de fármacos. Así, surge unaclasificación de la respuestaen metabolización lenta, intermedia, eficiente y rápida/ultrarrápida. En la actualidad, existen paneles a disposiciónde los pacientes que ofrecen pruebas para determinar el tipo de metabolización frente a ciertos medicamentos. Los identificados como metabolizadores lentos pueden experimentar efectos adversos o sufrir sobredosificación con una dosis normal, mientras que la metabolización ultrarrápida da lugar a menores niveles plasmáticos del fármaco con una menor repuesta terapéutica. Esta información es valiosa para elegir los medicamentos en el tratamiento de afecciones muy graves, desde trastornos de sangrado (warfarina) hasta cáncer de mama (tamoxifeno). En el grupo de las enzimas de la fase ii se encuentran el glutatión S-transferasas (GST), N-acetiltrasnferasas, UDP glucuroniltransferasas (UGT o UDPGT), sulfotransferasas y metiltransferasas como tiopurina S-metiltransferasa (TPMT) y catecol-O-metiltransferasas (COMT), entre otras. Todas presentan variantes alélicas que se asocian a efectos adversos a fármacos. La variabilidad en la respuesta del fármaco también se puede explicar por la variabilidadgenética en las dianasdel fármaco. Ciertos polimorfismosse hanasociadocon genes que codifican receptores, lo que da como resultado una alteración en la función, la afinidad de uniónal sustrato, la expresión o la regulación de dichos receptores. Suexpresión aumentadaen tejidos donde no se desea el efecto farmacológico puede provocar reacciones adversas. Por el contrario, la disminucióndesu expresiónpuede conllevarunafalta de respuesta. Enlosprocesos de absorcióny distribuciónde los fármacos, sustrasportadorestienenunpapel muy importante, destacandolostrasportadoresATP-binding-cassette(ABC), que sonlos encargadosdel tráfico de compuestos entre el interior y el exterior celular. El más investigado es la glucoproteína-P, codificada por el gen ABCB1 o MDR1. Es importante en la excreción de metabolitos a la orina, bilis y luz intestinal, mientrasque en la barrera hemato-encefálicalimita la acumulaciónde varios fármacos al cerebro. Los polimorfismos genéticos en este gen provocan modificaciones en la concentración de los fármacos causandodesde falta de acción terapéutica hastaciertos efectos adversos. Aplicación clínica de la farmacogenómica Para laaplicaciónclínicade laPGx existenactualmente2enfoquesmetodológicosdiferentes:el análisisde genescandidatosy losestudiosde asociacióngenómica(Genome Wide Association Studies (GWAS). Los estudios de genes candidatos, que llevan aplicándose durante más tiempo, se centran en unos pocos genes implicados en el metabolismo de fármacos, transporte o rutas diana. Estos análisis son relativamente baratos, más sencillos de interpretar y permiten validar la relación entre genotipo y fármacos. Así, este enfoque identifica la variabilidad en la respuesta del fármaco entre los individuos, confirma que la variación no es consecuencia secundaria de la alteración de otros parámetros del paciente (p. ej.,volumen de distribuciónalterado), y luego busca polimorfismos en los genes que codifican proteínas implicadas en la disposición de ese determinadofármaco.Una vez que se encuentraun polimorfismo,esnecesariodeterminarsu
  • 3. utilidad mediante el estudio de las frecuencias génicas estratificadas por población. Si se determina que la frecuencia del alelo particular es sustancial, se intenta determinar su validez clínica, esdecir,la capacidad del genotipopara predecirunfenotipoparticular.Porlo tanto,el alelo en cuestión podría considerarse clínicamente significativo si la frecuencia se considera significativa(el polimorfismopuede detectarse conunasensibilidadyespecificidadadecuadas) ypredecirde manerafiable larespuesta(eficaciaotoxicidad).El estudiofarmacogenómicoideal sería el que analizase polimorfismosconrepercusiónfuncional comprobadadel gencandidato. Sin embargo, no siempre se dispone de la información completa que permita definir los polimorfismos funcionales candidatos, ni de este tipo de información para todos los polimorfismos genéticos conocidos de cierto gen candidato. Como solución a la falta de esta información, existen herramientas bioinformáticas que pueden proporcionar una estimación aproximada del efecto funcional putativo. Otra alternativa sería buscar polimorfismos funcionalesputativosmediantelainvestigaciónde SNPlocalizadosenlasregionesde losgenes candidatos muy conservadas en otras especies. La estrategia de resecuenciación de genes candidatos ha aportado resultados satisfactorios en la identificación de nuevos polimorfismos genéticos con repercusión funcional directamente relacionados con variables de evaluación fenotípica. De este modo, se podrían realizar pruebas genéticas específicas antes de iniciar el uso del fármaco. Los GWAS consideran todos los genes y secuencias no codificantes del genoma humano, asumiendoque todoel material genéticotiene lamismaprobabilidadde afectara la respuesta a fármacos.Conladisponibilidadde lainformacióngenéticahumanayel descensode loscostes de secuenciación,losGWASsoncada vezmás frecuentes,aunquesuutilidadagranescalaestá limitadaporladificultadde interpretaciónde losresultados.Este enfoque,portanto,realizaun estudiode asociaciónde todo el genomaenel que se compara el perfil genómicocompletode 2 gruposde pacientesclasificadossegúnunoscriteriosfenotípicosdeterminadosapriori:casos (losque recibenelfármaco)ycontroles(losque recibenplacebo).Segenotipificanambosgrupos y se comparan las frecuencias alélicas y/o genotípicas entre ambos. Los polimorfismos que resulten más o menos frecuentes en los casos respecto a los controles se definen como asociadosal fenotipoinvestigado(alavariable de evaluaciónfenotípica) y, consecuentemente, como polimorfismos candidatos. Posteriormente, el/los posibles genes(es) candidato(s) puede ser estudiado en una población confirmatoria de pacientes. La información genética adquirida puede usarse de manera preventiva,con identificacióndel genoma utilizando polimorfismos conocidos y disponiblesen el momento de la prescripción y de acompañamiento como apoyo en las decisiones clínicas. Estos estudios de asociación con cobertura genómica completa han proporcionado formidables resultados en enfermedades oftalmológicas, oncológicas, endocrinológicas, neurológicas, cardiovasculares e infecciosas Ambos enfoques, teóricamente, podrían dar como resultado mejores resultados para el paciente minimizando el uso ineficaz y potencialmente dañino del ensayo y error en la dosificación.De estemodo,sepodríanevitarnivelesséricosde fármacosubosupraterapéuticos y disminuir el tiempo hasta alcanzar niveles terapéuticos de fármacos en pacientes con una reserva fisiológica disminuida. Una mayor eficiencia en la utilización de medicamentos puede proporcionar mejores resultados y menores costes asociados a sus efectos adversos.
  • 4. Limitaciones para la implementación de la farmacogenómica en la práctica clínica
  • 5. BIBLIOGRAFIA 1. Shuldiner AR, Relling MV, Peterson JF, Hicks JK, Freimuth RR, Sadee W, et al. The Pharmacogenomics Research Network Translational Pharmacogenetics Program: Overcomingchallenges of real-world implementation. Clin Pharmacol Ther. 2013 2. Jorgensen AL, Hughes DA, Hanson A, van Eker D, Toh CH, Pirmohamed M, et al. Adherence and variability in warfarin dose requirements: Assessment in a prospective cohort. Pharmacogenomics. 2013 3. Kawamoto K, Lobach DF, Willard HF, Ginsburg GS. A national clinical decision supportinfrastructure toenable the widespreadandconsistentpracticeof genomic and personalized medicine. BMC Med Inform Decis Mak. 2009 4. Vogel F. Moderne Probleme der Humangenetik. Ergebn Inn Med Kinderheilkd. 1959. 5. Harper AR, Topol EJ. Pharmacogenomicsinclinical practice anddrugdevelopment. Nat Biotechnol. 2012;30:1117-24 6. Klein ME, Parvez MM, Shin JG. Clinical implementation of pharmacogenomics for personalized precision medicine: Barriers and solutions. J Pharm Sci. 2017.