Las malformaciones genéticas pueden darse en diversos niveles de organización como a nivel del organismo completo, un segmento corporal, un sistema corporal u órganos aislados. Las causas incluyen alteraciones cromosómicas y mutaciones genéticas puntuales que siguen patrones de herencia, así como factores ambientales como virus, drogas, radiación y diabetes materna. Las alteraciones genéticas pueden ser autosómicas, ligadas al sexo X o Y, o influenciadas por el sexo, y presentan patrones de herencia dominante o recesiva