El transporte marítimo es crucial para el comercio internacional del Ecuador, representando alrededor del 81.5% del volumen total. El Consejo Nacional de la Marina Mercante y Puertos regula el sector del transporte marítimo y los puertos. El puerto más importante es el de Guayaquil, manejando más del 90% del tráfico de contenedores. El gobierno está invirtiendo en proyectos portuarios como el nuevo puerto de aguas profundas de Posorja, el cual será construido y operado por la compañía DP World bajo