El tratamiento del Hiperinsulinismo Congénito busca prevenir lesiones cerebrales y episodios sintomáticos mediante el mantenimiento de los niveles de azúcar en sangre en un rango normal, así como evitar efectos adversos del tratamiento. Los tratamientos incluyen estrategias de emergencia, alimentación, medicamentos como diazoxide y octreotide, y cirugía como pancreatectomía parcial o resección local dependiendo de si es focal o difuso.