Las cuatro causas fundamentales de hipoxemia son la hipoventilación, la limitación de la difusión, el cortocircuito y el desequilibrio ventilación-perfusión. El shunt es la única causa de hipoxemia en la que la PO2 no se eleva al nivel esperado al administrar O2 al 100%. El cociente ventilación-perfusión determina la PO2 y PCO2 en cada unidad pulmonar y puede causar hipoxemia e hipercapnia debido al desequilibrio.