"In December 2019, the Coronavirus disease 2019 (COVID-19), caused by a novel coronavirus SARS-CoV-2, emerged in Wuhan, Hubei province, China1 and soon spread across the world. In this ongoing pandemic, public health concerns and the urgent need for effective therapeutic measures require a deep understanding of its epidemiology, transmissibility and pathogenesis. Here we analyzed the clinical, molecular and immunological data from 326 confirmed cases of COVID-19 in Shanghai"

1. Yhojan Rodríguez, M.D.
Profesor Asistente
Zhang, X. et al. Nature https://doi.org/10.1038/
s41586-020-2355-0 (2020).
Club de Revistas

2. Cuestionamientos

3. Cuestionamientos

4. Cuestionamientos
• ¿Existe un evento singular de propagación zoonótica a los humanos en el
brote inicial, diferente al mercado del cual fue inicialmente el origen?
• ¿La virulencia del Sars-Cov-2 ha cambiado, debido a la evolución de las
secuencias genómicas durante la propagación de la enfermedad?
• ¿Existen factores adicionales asociado a los peores desenlaces de la
enfermedad?

5. Reclutamiento de pacientes
Se incluyeron un total de 326 pacientes, ARN positivo del SARS-CoV-2 y
fueron ingresados ​​en el Centro Clínico de Salud Pública de Shanghái del
20 de enero al 25 de febrero
 Edad (mediana): 51 años (rango 15-88)
 Hombres: 52.46%
 Comorbilidades: 38.34% tenían al menos una comorbilidad.
• Hipertensión, Diabetes, Enfermedad coronaria ,Hepatitis B crónica,
• EPOC, Enfermedad renal crónica, Cáncer.
 La gravedad de la enfermedad se clasificó en cuatro etapas
• Asintomática: 5 pacientes
• Leve: 293 pacientes
• Grave: 12 pacientes
• Crítica: 16 pacientes
• Medición de la citoquinas séricas: 228 pacientes.

6. Variación de nucleótidos en genomas virales
Los datos de secuenciación de 121 muestras (esputo, hisopo orofaríngeo)
que pasaron el control de calidad, se usaron para el “nucleotide variation
calling”
 Extracción y secuenciación de ARN viral.

7. Variación de nucleótidos en genomas virales
Gráfico de barras de la cobertura del genoma del SARS-CoV-2 por muestra,
es decir,> 99%, 98 ~ 99%, 90 ~ 98% y <90%. 94 muestras tienen coberturas
de más del 90%.

8. Variación de nucleótidos en genomas virales
Número de casos graves / críticos y leves / asintomáticos de COVID-19. La barra
azul representa el número de casos incluidos en este estudio. La barra roja
representa el número de casos utilizados para “nucleotide variation calling” o
análisis de filogenia.

9. Variación de nucleótidos en genomas virales
Se identificaron un total de 66 variantes sinónimas y 103 variantes no sinónimas en 9
regiones de codificación de proteínas
 Las tasas de sustitución de ORF1a/b, S, ORF3a, E, M y ORF7a fueron similares (~ 3.5 × 10-4
por sitio por año), mientras que las tasas de sustitución de ORF8 (9.51 × 10-4 por sitio por
año) y N (1.05 × 10-3 por sitio por año) fueron mayores

10. Variación de nucleótidos en genomas virales

11. Variación de nucleótidos en genomas virales

12. Análisis de filogenia genómica
Se utilizaron los genomas virales de 94 casos (> 90% completos) junto con 221
secuencias de SARS-CoV-2 de la base de datos GISAID para el análisis de la filología.

13. Análisis de filogenia genómica

14. Análisis de filogenia genómica
Se compararon las manifestaciones clínicas de pacientes infectados con virus de
clado I o clado II.
No encontramos diferencias estadísticas en:
• Gravedad de la enfermedad (p = 0,88)
• Recuento de linfocitos (p = 0,79)
• Recuentos de células T CD3 (p = 0,21)
• Proteína C reactiva (p = 0,83)
• Dímero D (p = 0,19 )
• La duración de la eliminación del virus después del inicio (p = 0,79)
Estos dos clados de virus exhibieron efectos patogénicos similares a pesar de sus
variaciones en la secuencia del genoma

15. Análisis de filogenia genómica
No se encontró una asociación significativa entre la gravedad de la enfermedad y las
15 variaciones más frecuentes (Sinónimas y no sinónimas)

16. Factores del huésped asociados con la gravedad de la enfermedad
Tomografía computarizada de tres pacientes típicos

17. Factores del huésped asociados con la gravedad de la enfermedad
Parámetros inmunológicos y bioquímicos asociados con la gravedad de la
enfermedad.
Extended Data Table 3 | Immunological and biochemical parameters associated with disease severity
*Kruskal-Wallis test. Data are presented as median (IQR)

18. Factores del huésped asociados con la gravedad de la enfermedad
Datos longitudinales de conteo celular en cada grupo

19. Factores del huésped asociados con la gravedad de la enfermedad
Características clínicas de pacientes con y sin comorbilidades.Extended Data Table 4 | Clinical features of patients with and without co-morbidities
Data are presented as median (IQR); a, two-sided Mann-Whitney U test, b, Chi-square test

20. Factores del huésped asociados con la gravedad de la enfermedad
Análisis de regresión logística univariada y multivariada de factores asociados con la
gravedad de la enfermedad.

21. Factores del huésped asociados con la gravedad de la enfermedad
Parámetros inmunológicos y bioquímicos asociados con la gravedad de la
enfermedad.

22. Factores del huésped asociados con la gravedad de la enfermedad
Correlación entre citocinas inflamatorias y recuentos de linfocitos.

23. Factores del huésped asociados con la gravedad de la enfermedad
Análisis de regresión logística univariada y multivariada de factores asociados con la
gravedad de la enfermedad.

24. Factores del huésped asociados con la gravedad de la enfermedad
Correlación entre citocinas inflamatorias y recuentos de linfocitos.

25. Cuestionamientos
 ¿Existe un evento singular de propagación zoonótica a los humanos
en el brote inicial, diferente al mercado del cual fue inicialmente el
origen?
• Seis secuencias de pacientes con antecedentes de contacto con el mercado se
encuentran el clado I
• Tres genomas de pacientes diagnosticados en el mismo período pero sin exposición
al mercado se agruparon en clado II
• Estos dos haplotipos representan dos linajes derivados de un ancestro común que
evolucionó independientemente
• Se sugiere que el primer de evento propagación zoonótico pudo ocurrir a finales de
noviembre de 2019

26. Cuestionamientos
 ¿La virulencia del Sars-Cov-2 ha cambiado, debido a la evolución de
las secuencias genómicas durante la propagación de la enfermedad?
• Los pacientes infectados con el virus del clado I o II no mostraron diferencias
significativas en un conjunto de características clínicas, tasa de mutación o
transmisibilidad
• El genoma viral es en gran medida estable

27. Cuestionamientos
 ¿Existen factores adicionales asociado a los peores desenlaces de la
enfermedad?
• Las células T CD3 + eran el tipo de célula principalmente suprimido en pacientes
infectados
• La linfopenia y, en particular, el recuento reducido de células CD4 / CD8, también
fueron una manifestación importante
• IL-6 e IL-8 se correlacionaron negativamente con el recuento de linfocitos
• La cinética de IL-6 estaba muy relacionada con la gravedad de la enfermedad

28. Cuestionamientos
 ¿Existen factores adicionales asociado a los peores desenlaces de la
enfermedad?
• Los macrófagos en el pulmón podrían servir como el primer impulsor de la
"tormenta de citoquinas" en la fase temprana de la neumonía por COVID-19 y la
posterior infiltración de linfocitos movilizada por las citocinas, pueden explicar el
linfopenia
• Agotamiento de los linfocitos T CD3 + que está estrechamente relacionado con
explosiones de citocinas como IL-6 e IL -8