La oxidación de los ácidos grasos ocurre en la mitocondria y sigue un proceso repetitivo de 4 reacciones llamado β-oxidación, donde los ácidos grasos son progresivamente recortados en unidades de dos carbonos para generar acetil-CoA, FADH2 y NADH. Los peroxisomas también desempeñan un papel en la oxidación de ácidos grasos de cadena larga y ramificados.