Las mutaciones cromosómicas son alteraciones en el número o estructura de los cromosomas que pueden ocurrir durante la formación de los gametos o las primeras divisiones del cigoto. Estas mutaciones pueden causar abortos espontáneos, anomalías en recién nacidos, o transmitirse a la descendencia si afectan las células germinales. Existen pruebas como el cariotipo y FISH que permiten detectar mutaciones cromosómicas de manera temprana.