El departamento del Vaupés presentó un déficit de $24.025 millones en 2012 debido a la reducción de ingresos de capital y transferencias. Reportó gastos superiores a los ingresos recibidos por transferencias. Se encuentra en planes de desempeño en salud desde 2013 hasta 2014 y educación desde 2014 por 18 meses, debido a problemas como información errónea e inconsistencias en el manejo de recursos. El mal reporte de información y desarticulación de la secretaría de hacienda representan riesgos para las finanzas del departamento.