El modelo pedagógico del Colegio Francisco de Paula Santander busca la formación integral de los estudiantes mediante el desarrollo de competencias, habilidades comunicativas y valores. Se enfoca en procesos de pensamiento flexible, crítico y creativo para comprender el mundo de manera competente. El docente actúa como mediador del conocimiento utilizando métodos inductivos, deductivos e investigativos, mientras que el estudiante es un sujeto activo y crítico en la construcción de su aprendizaje.