Los flagelados son el grupo de protozoos más antiguo. Se caracterizan por presentar flagelos que utilizan para el desplazamiento. Giardia lamblia es un flagelado parásito que causa la giardiasis, una enfermedad intestinal que puede manifestarse agudamente con diarrea o de forma crónica. La trichomoniasis genital es causada por Trichomonas vaginalis y se transmite sexualmente, causando descarga vaginal y prurito en mujeres e infrecuentemente uretritis en hombres.