La vía alternativa del complemento se activa más temprano que la vía clásica e involucra las proteínas C3, factor B, factor D y properdina. La activación de C3 puede ocurrir mediante dos mecanismos: la actividad de la vía clásica o la hidrólisis espontánea de C3. Ambos mecanismos convergen en la formación de C5b y el complejo de ataque a la membrana. La proteína MBL reconoce carbohidratos en microorganismos y activa las proteasas MASP-1 y M