Revisión breve de microbiología/Infectología para el diagnostico de Coronavirus y COVID-19, actualizada a Julio de 2020. Dirigida a estudiantes de pregrado

1. CORONAVIRUS &
SARS-COV2
INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL
ESCUELA SUPERIOR DE MEDICINA
CENTRO MÉDICO NACIONAL “20 DE
NOVIEMBRE”
Infectología
Presenta:
 Espinoza Olguín Luis Emmanuel – 8CM58

2. GENERALIDADES CoV
■ Coronavirus - Recibe su nombre por el aspecto de los viriones en
microscopia electrónica
■ 2da causa mas fcte de Resfriado común (1ra Rinovirus) 5-10% en
adultos
■ Nosologías que produce: Resfriado común, SARS, MERS, etc
– 2002 – SARS “Síndrome respiratorio agudo severo” – CHINA
– 2012 – MERS “Síndrome respiratorio del oriente medio” – Península
Arábiga
■ RNA – Monocatenario + – Envuelto lipídico (RE & Golgi) – Peplómeros en
“baston o espiga”
– Se mantiene en VRS por Temp óptima 33-35°C
Ryan K, J., Ray G, Ahmad N, Drew W, L., Lagunoff M., Pottinger P., et al (2014) Sherris, Medical Microbiology.
Chicago, EEUU. McGrawHill 6th ed (pp´: 181-182)

3. Murray P, R., Rosenthal K, S., Pfaller M, A (2017) Microbiología Médica. Barcelona, España.
Elservier 8va ed (pp: 470-472)

4. ORIGEN Y ESPARCION
■ A finales de 2019 se reporta un grupo de Neumonías de origen
desconocido en Wuhan provincia Hubei
■ Basándose en estudios de control se asocio a la exposición a un
mercado local de mariscos – Zoonosis
– Se declara el brote a la OMS el 31/12/19
– Se detectan pruebas positivas ambientales
– Esto no es concluyente del origen ya que el caso mas joven
reportado no tuvo conexión con este sitio (Huang, C., et al, Lancet
(Lond. Engl.) 2020, 395)
– Se reportan dos nuevas cepas previas al brote
– Se ha sugerido la importación del virus (filogenia) (Yu, W., et al
ChinaXiv 2020)
Yuefei J., Haiyan Y., Wangquan J., Weidong W., Shuaiyin C., Weiguo Z., et al (2020) Review. Virology, Epidemiology,
Pathogenesis, and Control of COVID-19. Viruses. 12 (372)

5. VIROLOGÍA
■ Se trata de un Beta coronavirus (similar a SARS)
– Son divididos genotípicamente: α, β, γ, and δ-CoVs
– 79% SARS // 50% MERS
– Todos los CoVs son de origen Zoonótico
– SARS-CoV-2 – (Nat Microbiol 2020 Apr,5(4):536)
■ RNA Monocatenario +, ovalado, encapsulado
– Se reportaron 10 cepas inicialmente (iguales 99.98%)
■ Puede ser inactivado a travez de Rayos UV o calentado a 56°C por 30 min, sensible a la mayoría de
los desinfectantes (>70%)
■ Es mas estable en superficies de plástico o acero que cobre o carbón // Se ha detectado >72h de
aplicación
■ ACE2 es su receptor funcional de entrada (expresado en pulmón, corazón, riñón e
intestino)
Yuefei J., Haiyan Y., Wangquan J., Weidong W., Shuaiyin C., Weiguo Z., et al (2020) Review. Virology, Epidemiology,
Pathogenesis, and Control of COVID-19. Viruses. 12 (372)

6. ■ SARS-CoV-2 demostró identidad
del 96% respecto a BatCoV
RaTG13 (SARS-CoV) indicando
origen de Muercielago
■ Bat SARS like-CoVs no pueden
infectar de forma directa al
humano
– A menos que… Muten en
otro hospedador
■ La identidad de secuencia
respecto al CoV del Pangolín
resulto del 99%
Lam, T.T.-Y.; Shum, M.H.-H.; Zhu, H.-C.; Tong, Y.-G.; Ni, X.-B.; Liao, Y.-S.; Wei, W.; Cheung, W.Y.-M.; Li, W.-J.; Li, L.-F.;
et al. Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China. bioRxiv 2020

7. EPIDEMIOLOGÍA
■ Mapa Interactivo Johns Hopkins (29-06-20):
https://coronavirus.jhu.edu/map.html
Grado Porcentaje de casos
Leve y moderado 80%
Severo 15%
Enfermedad critica: falla resp,
shock, falla multiorgánica
5% - Mortalidad de casi 100%
Wu C., et al JAMA Intern Med 2020

8. TRANSMISIÓN
■ Fuentes de infección
– Pacientes: Casos severos son mas contagiosos que los leves
■ Contacto cercano OMS: <6 pies y prolongado >15 minutos
– Fómites y superficies contaminados
– Gotas de Flügge: Se ha observado cara viral: +Cavidad nasal > Garganta (Zou L., Ruan F., et al
N Engl J Med. 2020)
– Super spreaders
– Se Hipotetiza la transmisión fecal-oral a través de la aerosolización de aguas contaminadas
– Transmisión vertical no ha sido descrita pero si la transmisión posnatal
■ Se han observado PCR positivas después de recuperación (Nunca antes visto en la historia de las
enfermedades virales) (Lan, L.,Xu, D.,Ye, G., et al JAMA 2020)
Singhal T (2020) A Review of Coronavirus Disease-2019 (COVID-19) Indian J Pediatr (April 2020) 87(4):281–286
Material Vida
media
Plástico 6.8
Acero inoxidable 5.6
Cartón 3.5
Aerosol 1.1
Cobre 0.8
N Engl J Med 2020 Apr
16;382(16)

9. CUADRO CLINICO
■ P. Incubación: 2-14d (media de 6) // Considerada Autolimitada
■ Pacientes iniciales (Huang, C., et al, Lancet (Lond. Engl.) 2020, 395)
– Frecuentes: Fiebre (98%), tos (76%) y mialgia o fatiga (44%)
– Menos frecuentes: Producción de esputo (28%), dolor de cabeza (8%), hemoptisis
(5%) y diarrea (3%)
– Alteraciones en la percepción del gusto y el olfato
■ Las células epiteliales olfatorias de soporte expresan genes (ACE2 y TMPRSS2)
primordiales
para la entrada de COV-2, mientras que las del epitelio respiratorio no ( Brann D, H., et al
BioRxi, Marzo 2020)
■ Estas expresan en sus cilios los odor receptors
Lam, T.T.-Y.; Shum, M.H.-H.; Zhu, H.-C.; Tong, Y.-G.; Ni, X.-B.; Liao, Y.-S.; Wei, W.; Cheung, W.Y.-M.; Li, W.-J.; Li, L.-F.;
et al. Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China. bioRxiv 2020

10. INMUNOLOGÍA
■ Respuesta Innata
– Receptores virales: PRRs, RIG, TLRs → IFN + Citocinas
proinflamatorias
■ Se ha demostrado que SARS-CoV-2 es sensible a IFN InVitro
■ El virus posee mecanismos de evasión de respuesta a IFN
– Inflamasomas
■ Proteínas víricas aumentan su activación → Favoreciendo la tormenta
de citocinas
– Células mieloides (SFM)
■ Fenómeno de desregulación mieloide → Aumento de GM-CSF →
Reclutamiento celular, lo que favorece el SDRA
■ La severidad de la enfermedad esta mediada por el aumento de
señalización de estas células y sus productos
– IgG vs Proteína S preexistentes
■ Pueden exacerbar la lesión pulmonar debido a repolarización de
macrófagos
– ILC
■ Se han observado menor numero de NKs así como alteración en sus
medios citotóxicos: citocinas, CD16+ (licencia para matar)

11. ■ Respuesta Adaptativa
– Linfocitos T
■ Existe disminución de la cuenta periférica células T
■ Los mecanismos causantes de linfopenia aun no están
claros
■ Correlación indirecta de los niveles de IL-6 y conteo de
linfocitos / ↑ apoptosis en órganos linfoides primarios
■ Ya sea por inhibición de recirculación por señales
inhibitorias → Fenómeno de “Agotamiento”
– Linfocitos B
■ El patrón de desarrollo de anticuerpos es clásico
■ En la mayoría de estudios previos y actuales, el titulo
de Ab´s protectores y la cuenta de células de memoria
han ido a la baja (media de 8 meses)

13. ■ Células endoteliales (CE) actúa como APC es mediador de Respuesta inmune
■ El aumento de citocinas proinflamatorias se asocia ↑ de permeabilidad vascular
– IL-6 se ha correlacionado directamente con el grado de severidad
– IL-2R soluble es un indicador de la activación celular inmunitaria y la asociación de su ligando
produce edema pulmonar
– IL-1beta, IL-6, TNFα – Inducen la perdida del fenómeno antitrombótico
■ Es característica la presencia de fenómenos trombóticos agudos
– Embolismo pulmonar > trombosis venosa profunda
– Desregulación homeostasis pulmonar → Sistémica
– También se agrega un estado hipofibrinolítico
Pons S., Fodill S., Azoulay E., Zafrani L (2020) Review.
The vascular endothelium: the cornerstone of organ
dysfunction in severe SARS-CoV-2 infection. Pons et al.
Critical Care - 24:353

15. PATOGENIA
Cosas que aprendimos sobre COVID-19
Virus: La unión se realiza tanto en VRS y VRI a través de peplomeros (S – spike)
junto con ACE2
Infección: No se sabe que % elimina la respuesta innata, pero esta determina la
seriedad de la infección
Inmunología: La actividad mediada por IFN baja / Las células T presentan un
fenómeno de “agotamiento” → Linfopenia / Desvió a perfil Th17
Inflamación: Sensores activan producción de Citokinas → Amplificacion por
macrófagos y citocinas (Major Drivers)
Trombosis: Existe disfunción endotelial causada por un efecto directo citopático y
la reacción inflamatoria lleva a un estado pro trombótico
Cecconi M., Forni G., Mantovani A (2020) Ten things we learned about COVID-19. Intensive Care Med.
DOI:10.1007/s00134-020-06140-0

16. DIAGNÓSTICO
■ Distinguir entre Neumonía típica, exacerbación de asma, EPOC, etc
■ DEFINICIONES OPERACIONALES
■ Datos de alarma: Disnea, SaPO2 <94% al aire ambiente, abundante secreción, taquipnea, Sx
pleuroplumonar, Hipotensión, exacerbación de síntomas CV o Resp, alt edo consciencia,
vomito o diarrea persistente, alt glucemia
■ Qsofa: Si presenta al menos un dato debe considerarse el traslado
■ Guía OPS: Caso complicado (OMS)
Lineamiento para la atención de pacientes por COVID-19. Secretaria de Salud. 14 de Febrero de 2020
Algoritmos interinos para la atención del COVID-1-. IMSS. 25 de Junio de2020

17. CASO SOSPECHOSO
Persona de cualquier edad que en
los últimos 14 días fiebre y/o tos y al
menos uno de los sgtes SyS.
Además refiera:
• Disnea, Mialgia, Cefalea,
Artralgia, Odinofagia
• Haber estado en contacto en pte
con caso confirmado o en estudio
• Viaje a estancia o países con
transmisión local comunitaria
CASO CONFIRMADO
Persona que cumpla con la
definición operacional de caso
sospechoso y que cuente con Dx
confirmado por Red Nal de Labs de
SalPub reconocidos por el InDRE
Lineamiento para la atención de pacientes por COVID-19. Secretaria de Salud. 14 de Febrero de 2020
Algoritmos interinos para la atención del COVID-1-. IMSS. 25 de Junio de2020

18. EVALUACIÓN
Lineamiento para la atención de pacientes por COVID-19. Secretaria de Salud. 14 de Febrero de 2020
Algoritmos interinos para la atención del COVID-1-. IMSS. 25 de Junio de2020

19. Lineamiento para la atención de pacientes por COVID-19. Secretaria de Salud. 14 de Febrero de 2020
Algoritmos interinos para la atención del COVID-1-. IMSS. 25 de Junio de2020

20. Lineamiento para la atención de pacientes por COVID-19. Secretaria de Salud. 14 de Febrero de 2020
Algoritmos interinos para la atención del COVID-1-. IMSS. 25 de Junio de2020

22. Lineamiento para la atención de pacientes por COVID-19.
Secretaria de Salud. 14 de Febrero de 2020
Algoritmos interinos para la atención del COVID-1-. IMSS.
25 de Junio de2020

23. AUXILIARES DIAGNÓSTICOS
■ RT-PCR a través de muestras respiratorias
■ Marcadores de gravedad: Linfopenia <1000, PCT elevada: Coinfección
bacteriana// AST/ALT, PT, Creatinina, dinero D, CPK y HDL elevados están
asociados a enfermedad severa
■ Tele de Tórax: normal en los primeros días → Presencia de infiltrados bilaterales
■ TAC: Se observan infiltrados/ Opacidades en “Vidrio esmerilado” y datos de
consolidación
Lineamiento para la atención de pacientes por COVID-19. Secretaria de Salud. 14 de Febrero de 2020
Algoritmos interinos para la atención del COVID-1-. IMSS. 25 de Junio de2020

25. TRATAMIENTO FARMACOLÓGICO
■ Existen mas de 300 pruebas clínicas activas (Abril 2020)
■ CLOROQUINA//HIDROXICLOROQUINA
– Bloqueo de glucosilación de ECA2R (no se puede unir Sprot)
– Inmunomoduladores ↓ poducc de citocinas proinflamatorias
– Francia: Aclaramiento 70% ptes día 6- 200 mg VO c/8h + Azitromicina (HQ)
– SLE dosis 400 mg diaria – Dosis aun no establecida
– CQ - Dosis carga 400 mg c/12 por un día – después 200mg c/12 por 4 días
– EA´s: prolongación intervalo QT(realizar ECG previo), hipoglicemia, psicológicos, retinopatía
– Es un candidato para profilaxis posterior a infección mas no preventivo (UptoDate)
Sanders J., Monogue M, L., Jodlowski L., Cutrell J (2020) Pharmacologic Treatments for Coronavirus Disease 2019
(COVID-19) A Review. JAMA May 12, 2020 Volume 323, Number 18

26. ■ LIPONAVIR/RITONAVIR
– Combinación aprobada FDA tx de VIH
– Inhibición de 3-chymotrypsin-like protease
– Se ha visto discreta baja en la tasa de eliminación solo si se administra durante el pico
de replicación (7-10 días)
– 400-100 mg VO c/12h por 4d
– EA´s: Síntomas GI, HEPATOXICIDAD
■ RIBAVIRINA
– Inhibe la RNA polimerasa – Análogo de Guanina
– Se requieren de altas dosis para producir efecto
– EA´s: Hemotoxicidad (70%ptes anemia hemolítica/50% requirió transfusión) y
Hepatoxicidad
– Solo en combinación de terapia con IFN se aumento discreto efecto
Sanders J., Monogue M, L., Jodlowski L., Cutrell J (2020) Pharmacologic Treatments for Coronavirus Disease 2019
(COVID-19) A Review. JAMA May 12, 2020 Volume 323, Number 18

27. OTRAS TERAPIAS
■ Oseltamivir: Utilizado de forma inicial al inicio de la pandemia no tuvo ningún efecto
■ Umifenovir (Arbidol): Nueva promesa Tx. Blanco unión Sprot/ACE2, impide la fusión con
membrana. Aun no hay estudios publicados, siguen en curso
■ Terapia con IFN: Se ha visto actividad InVitro vs MERS. Alternativa en combinación con
retrovirales (China). La OPS no los recomienda
■ Camostat: Medicamento aprobado en Japón. Previene Invitro la entrada del virus mediante la
inhibición de TMPRSS2. Requiere investigación futura
■ REMDESIVIR
– Profármaco – Análogo activo de C-Adenosina (Nucleósido)
– Prometedora tx debido a su amplia actividad InVitro vs CoVs (SARS)
– Ensayos actuales vs COVID-19: NCT04292899,NCT04292730, NCT04257656,
NCT04252664, NCT04280705
Sanders J., Monogue M, L., Jodlowski L., Cutrell J (2020) Pharmacologic Treatments for Coronavirus Disease 2019
(COVID-19) A Review. JAMA May 12, 2020 Volume 323, Number 18

28. ■ CORTICOIDES
– Uso: Tx de cascada de citocinas y prevenir progresión de la enfermedad
– Se demostró su efectividad DISMINUYENDO LA MORTALIDAD// NO PROFILAXIS
– Metilprednisolona de rutina inicial a una dosis de 0.75 a 1.5 mg / kg IV c/24 hrs. (casi
40mg una o dos veces al día) – Ir disminuyendo
Sanders J., Monogue M, L., Jodlowski L., Cutrell J (2020) Pharmacologic Treatments for Coronavirus Disease 2019
(COVID-19) A Review. JAMA May 12, 2020 Volume 323, Number 18

30. TEMAS POR REVISAR…
Abordaje de la
paciente Embazada
Manejo el contexto de
DM, HAS, Cáncer,
Niños
Indicaciones y manejo
del paciente critico/
Manejo ventilatorio en
sus diferentes
modalidades / SEPSIS
EPP
Seguimiento
epidemiológico